В 1920 году Советское государство восстановило функции Памирского отряда (это военно-административное формирование Туркестанского военного округа Русской императорской армии выполняло те же функции, что и пограничные части Российской империи), однако того единого подразделения, которое было до Октябрьской революции, уже не было. С учётом новых обстоятельств отряд расформирован на Хорогский, Ишкашимский, Калаи-Хумбский и Мургабский. Помимо охраны границы советские пограничники (как и раньше российские) по-прежнему участвовали в общественных отношениях Памира. В Хороге на средства, отчисляемые пограничниками, был открыт интернат. Беднейшим людям пограничники помогали семенами, готовили сельскохозяйственный инвентарь к посевной кампании, занимались уборкой урожая, строительством каналов. По негласному соглашению с Королевством Афганистан пограничным частям для преследования отрядов басмачей и поимки их главарей дозволялось проникать в афганскую территорию, что серьёзно облегчило действия органов ВЧК при СНК РСФСР и ОГПУ при СНК СССР.