Ох и матерился я сейчас.... Убил двое суток на определение проблемы при переносе баз 1С между серверами, а причина была в том, что при выгрузке БД в файл нужно в обязательном порядке создавать новый файл, а не в уже существующий. Вот такой вот неочевидный, скрытый и очень подводный камень.