Палата юстиции (как особый отдел до появления Коллегии юстиции) и Сенатская канцелярия (которая занималась вопросами управления). Сенат имел свою канцелярию, которая делилась на несколько столов: губернский, тайный, разрядный, приказной и фискальный. Палата наказаний состояла из двух сенаторов и судей, назначаемых Сенатом, которые регулярно (ежемесячно) представляли в Сенат отчеты о делах, штрафах и обысках. Приговор Палаты исполнения мог быть отменен общим присутствием Сената. Главной задачей Сенатской канцелярии было не допустить, чтобы текущие дела московских учреждений доходили до Правительствующего сената, исполнять указы Сената и контролировать исполнение сенаторских указов в губерниях. У сената были вспомогательные органы: скаковой мастер, король оружия, провинциальные комиссары. 9 апреля 1720 года при Сенате была учреждена должность "приемника просителей" (с 1722 года – рекетмейстера), который принимал жалобы на коллегии и канцелярии. В обязанности герольдмейстера входило составление списков в штат, дворянство, надзор, чтобы от каждого дворянского рода на государственной службе оставалось не более 1/3. Губернские комиссары курировали местные, военные и финансовые дела, набор рекрутов и содержание полков. Сенат был послушным орудием самодержавия: сенаторы несли личную ответственность перед монархом, в случае нарушения присяги они подвергались смертной казни или впадали в немилость, отстранялись от должности и наказывались денежными штрафам