Воскресный день 22 июня 1941-го обрушился трагической новостью. Практически сразу после первых официальных сообщений началась работа по спасению коллекции, подготовка к эвакуации музейных ценностей.
Сотрудник музея Вера Владимировна Лемус вспоминала:
«…привлечённые солнечной погодой (наступившей после периода дождей) ленинградцы и приезжие из других городов веселой нарядной толпой заполнили аллеи парков и музейные залы, мирная жизнь людей продолжалась только до полудня.
В 12 часов московское радио сообщило всей стране о вероломном нападении фашистской Германии: гитлеровские войска перешли границу и, пользуясь внезапностью налета, нанесли жесткий удар советским военным объектам в приграничной зоне. <…>
Этот страшный день, положивший начало неисчислимым бедствиям нашей страны, глубоко врезался в память. Совершенно случайно я узнала о вражеском нападении чуть раньше официального сообщения (от зятя, приехавшего перед отъездом на фронт) и, проходя после этого разговора с ним по дворцовой анфиладе, со всей остротой ощутила коварную суть внезапного перехода мира к войне. На лицах людей ещё сияли улыбки. Экскурсоводы, показывая музейные залы, говорили о творческих достижениях талантливых мастеров и художников, о вечном значении подлинной красоты искусства. А мне было страшно смотреть на этих спокойных людей, ещё не знающих, какое обрушилось на них несчастье. <…>
В эти часы уже выковывалась воля ленинградцев: не отступить, дать отпор.
Пушкинские парки обезлюдили и затихли. Дворцы-музеи закрылись. В 14 часов на площади перед дворцом состоялся митинг. Директор Владимир Иванович Ладухин призвал всех работников дворцов и парков к исполнению своего гражданского долга (сам он вскоре ушёл на фронт)».
Хранитель Екатерининского парка Евгения Леонидовна Турова оставила в дневнике за июнь 1941 года такую запись:
«Вечером 22-го, после закрытия дворца (последнего закрытия), мы начали по заранее заготовленному списку упаковывать вещи, “наиболее ценные”. И всё упаковали за одни сутки».
Подготовка предметов к эвакуации – тяжелейший труд. В Предцерковном зале Екатерининского дворца и в южной части здания, где находились реставрационные мастерские, сотрудники (в основном женщины) упаковывали в деревянные ящики, грузили и отправляли вглубь страны бесценные коллекции. Коллектив был малочисленный – в первые два месяца войны многие работники музея, экскурсоводы и реставраторы были мобилизованы в армию и на оборонительные работы.
Эшелон с первой партией экспонатов отправился 30 июня, за ним последовали второй и третий – 6 и 13 июля. Экспонаты первой, второй и третьей очереди были отправлены в Горький, но в ноябре коллекции снова погрузили в вагоны – в Томск, а позже – в Новосибирск.
Заключительную партию экспонатов вывозили с 1 по 10 сентября – отправляли на грузовых машинах в Исаакиевский собор. Спустя неделю после того, как заключительный эшелон с экспонатами покинул музей, фашистские войска заняли город Пушкин. Потери художественных ценностей и исторических бытовых предметов были огромны. В Екатерининском и Александровском дворцах числилось 107 тысяч предметов, утрачено 87 тысяч.