В античный период, этот город по значимости и великолепию уступал Кноссу, еще в ранние времена эти два великих города заключили союз, который позволил им подчинить себе весь Крит. Однако позже, когда между ними возникли разногласия, они постоянно воевали. Первоначально он был больших размеров, поскольку Страбон оценивает его окружность в 50 стадий (около 9 км (6 миль), что подразумевает площадь около 6,4 км² (1600 акров)). Он добавляет, что Птолемей Филопатор начал обносить его новыми стенами, но работы не продолжались более 8 стадий (около 1,5 км (1 мили)). Во время Пелопоннесской войны Гортина, по-видимому, имела союзничестские отношения с Афинами. В 201 году до н.э. Филопомен, приглашенный жителями, принял командование войсками Гортины. В 197 году до н.э. пятьсот гортинийцев под командованием своего командира Киды (по-видимому, это было распространенное имя в Гортине) присоединились к Квинкцию Фламинину в Фессалии.
Гортина располагалась на равнине, орошаемой рекой Летей, на расстоянии 90 стадий (около 16 км (10 миль)) от Ливийского моря, на котором находились две её гавани, Лебена и Металлум, и упоминается многочисленными античными писателями — Плинием Старшим, автором «Периплуса Псевдо-Скилакса», Птолемеем и Иероклом, который начал своё путешествие по острову с этого места.
Во время Римского вторжения, Гортина приняла сторону римлян. После Римского завоевания Гортина стала столицей Римской провинции на Крите, что повлекло за собой бурное расширение города. В начале Византийского периода административный центр города был перемещен в христианскую общину, в деревню Метрополис, а второй центр располагался в церкви деревни Агия Дека. В 824 -году, арабская армия, под предводительством Абу Хафс Умара, вторглась на Крит, минуя сильные крепости, осадила столицу провинции, в коей на тот момент не находилось войск, достаточных для обороны города, в результате чего, после недолгой осады, город был захвачен арабами и разрушен. Епископ Кирилл, как и многие граждане были казнены.