В июне 1922 года в Александро-Невской Лавре, как лидер Александро-Невского братства, епископ Ладожский, викарий Петроградской кафедры Иннокентий (Тихонов) был взят под стражу и заключен в Доме политзаключенных.
По делу петроградских православных братств Владыка проходил как основной обвиняемый. Следователь в своем обвинительном заключении писал, что епископ Иннокентий: "В присутствии женщин и детей устраивал продолжительные беседы не только на религиозные темы, но и касался вопросов государственной деятельности митрополита от 5 и 12 марта. Уверившись в сочувственном отношении массы к его беседам, он приступил к созданию примерного устава Братства.
Закончив работу по этой отрасли, стал проповедовать под флагом религиозного возбуждения о деятельности прогрессивного духовенства, в беседах называл их большевистскими соглашателями.
Совместно с митрополитом разработал воззвание к Петроградской Православной епархии об отлучении последних из сана. Являлся прямым наставником демонстративно