Михаил Васильевич родился в селе Мелеуз Уфимской губернии (ныне Башкортостан) в семье управляющего имением. Это была не аристократическая, но образованная и социально устойчивая семья поздней Российской империи. Черноруцкий окончил Военно-медицинскую академию с отличием, его имя было занесено на мраморную доску. После выпуска он остался на кафедре госпитальной терапии и одновременно работал в Институте экспериментальной медицины, сочетая клинику с физиологией. Михаил Васильевич стал профессором 1-го Петроградского медицинского института, а после – заведующим кафедрой. К 1920-м гг. он уже являлся признанным терапевтом, поэтому, несмотря на происхождение, большевики не тронули Черноруцкого. Кроме того, сам профессор не занимался политикой, много общался и работал с представителями школы академика И.П. Павлова (1849–1936), а павловская физиология тогда имела официальный статус в СССР. Вероятно, также важно, что Михаил Васильевич не участвовал в Белом движении и не поддерживал контактов с