Торговая сеть «Эльдорадо» была основана 1 сентября 1994 года. Первый магазин открылся в Самаре. Основателем компании стал Игорь Яковлев.
Через шесть лет, к 2000 году, «Эльдорадо» превратилась в сеть из 100 магазинов, работавших в большинстве регионов страны. В 2004 году компания сменила стратегию: новые магазины стали представлять собой только супер- и гипермаркеты площадью более 2 000 м². Это позволило значительно расширить ассортимент — до сотен и тысяч моделей товаров.
В мае 2005 года начали открываться салоны мобильной связи под брендом «Эльдорадо». Через пару лет появились магазины премиальной бытовой техники «ЭТО».
В 2008 году начался глобальный финансовый кризис, который затронул и российский бизнес. Чтобы сохранить основное направление деятельности, компания отказалась от непрофильных активов и сосредоточилась на развитии сети гипермаркетов.
В начале 2008 года налоговые органы предъявили одному из юридических лиц «Эльдорадо» претензии на общую сумму почти в 15 млрд рублей. После этого банки-кредиторы потребовали досрочного погашения кредитов на сумму 400 млн долларов, а поставщики прекратили поставлять товар. Чешская группа PPF предоставила заём в 500 млн долларов.
В сентябре 2008 года Игорь Яковлев избавился от контрольного пакета «Эльдорадо», продав 39% акций группе PPF, а 11% — итальянской страховой группе Assicurazioni Generali. В декабре 2010 года PPF выкупила долю итальянской компании за 46 млн евро. В августе 2011 года чешская компания выкупила остатки «Эльдорадо» у его основателя, заплатив за 50% минус 1 акцию сети 625 млн долларов.
В 2010 году «Эльдорадо» начала программу утилизации бытовой техники, электроники и батареек. Компания заключила договоры с перерабатывающими предприятиями и запустила кампанию по сохранению окружающей среды. В это же время было проведено масштабное маркетинговое исследование, которое показало, что бренд «Эльдорадо» знаком 97% жителей российских городов.
К 2011 году торговая сеть насчитывала более 350 гипермаркетов в 120 городах страны.
В 2013 году корпорация «М.Видео» получила разрешение Федеральной антимонопольной службы на покупку «Эльдорадо» у PPF, но с ограничениями на доминирование объединённой сети в ряде регионов. Переговоры начались в конце 2016 года, а сделка завершилась в марте 2018 года: «М.Видео» выкупила «Эльдорадо» за 45,5 млрд рублей. Обе компании вошли в промышленно-финансовую группу «Сафмар».
В декабре 2022 года был запущен пилотный проект по объединению части магазинов сети под единым брендом «Эльдорадо + М.Видео» для более рационального использования ресурсов. В сентябре 2024 года процесс объединения брендов был завершён: программы лояльности «Эльдорадости» и «М.Клуб» были объединены в единую систему «М.Клуб».
В 2022 году уход зарубежных брендов и санкции заставили компанию изменить бизнес-модель. «М.Видео-Эльдорадо» начала заниматься параллельным импортом, закупая технику альтернативных брендов из Турции, Китая, Беларуси, Узбекистана.