Став в 1019 году великим князем киевским, Ярослав Мудрый, тем не менее, никогда не забывал о Новгороде и новгородцах, которые и даровали ему эту победу, поэтому он сделал всё, чтобы Новгород ни в чём не уступал стольному Киеву. В значительной мере это касалось и архитектуры, жемчужиной которой стал собор Святой Софии, второй по важности храм Древней Руси после собора Святой Софии в Киеве.
Свою историю новгородский Софийский собор ведёт от деревянного тринадцатикупольного храма, построенного в 989 году севернее современного места расположения Софийского собора. Деревянный собор Святой Софии на протяжении 50 с лишним лет достойно окормлял паству Новгородской епархии, но к 1046 году окончательно обветшал и Ярослав Мудрый решил заменить его на каменный храм, являющийся старейшим древнерусским храмом на территории России. Стройка каменного Софийского собора в Новгороде шла ударными темпами, начав работу в 1046 году, строители завершили её в полном объёме к 1050 году, о чём свидетельствуют летописи. В результате масштабных строительных работ в Новгородском кремле появился пятинефный крестово-купольный храм с шестью куполами, также в храме были сделаны три галереи с несколькими дополнительными престолами. Конечно же, за почти тысячу лет своей истории Софийский собор не раз достраивался и перестраивался, но в целом он сохранил планировку и облик XI столетия.
В жизни Новгорода Софийский собор всегда играл очень большую роль, это был кафедральный храм Новгородской епархии и митрополии, там собиралась верхушка новгородского вече, там приводились к присяге на верность Новгороду важнейшие должностные лица, включая князя, использовался он и в качестве банка, и в качестве хранилища трофеев, что сыграло неблагоприятную роль в Смуту, когда шведские наёмники под командованием генерала Якоба Делагарди попытались было поправить за счёт Святой Софии свои финансовые дела, но натолкнулись на отчаянное сопротивление со стороны соборного протопопа Амоса Ивановича, его детей и дворовых людей, которых хоть и сожгли заживо, но до софийских ценностей они так и на добрались. Софийский собор после окончания Смутного времени продолжил службу в качестве главного храма Новгородской земли, но в XVIII веке ему потребовалась реставрация, которая была проведена со всей тщательностью, к наиболее хрупкой южной стене собора были присоединены три контрофорса, а сам собор был тщательно оштукатурен и побелён.
ХХ век стал для новгородского Софийского собора временем больших потрясений и разрушений, хотя в 1893-1900 годах он был отреставрирован и ему был возвращён средневековый облик, революционные потрясения не прошли для него бесследно, в 1922 году он подвёргся обыску в ходе кампании по изъятию церковных ценностей (при этом у проводивших его чекистов и комсомольцев не поднялась рука на самое ценное - соборную ризницу), а в 1929 году он был вообще закрыт и в его стенах был открыт антирелигиозный музей. Настоящим же кошмаром для Софийского собора стала Великая Отечественная война, когда он оказался под перекрёстным артогнём, а немцы и испанцы из "Голубой дивизии" сначала разграбили его подчистую, а потом просто крушили его как памятник ненавистной им русской истории. После освобождения Новгорода в 1944 году туда немедленно была направлена группа реставраторов под руководством Сергея Николаевича Давыдова, которая тут же приступила к реставрации наиболее пострадавшего от оккупантов Софийского собора, который уже к 1947 году был восстановлен в прежнем виде, в дальнейшем реставрация собора, шедшая рука об руку с археологическими раскопками, продолжилась, а в 1991 году новгородский Софийский собор был возвращён Русской православной церкви, в то же время оставаясь частью Новгородского музея-заповедника.