В годы Великой Отечественной войны Микояновский мясокомбинат сыграл важную роль в обеспечении армии и тыла продовольствием, а также в производстве медицинских препаратов.
В июне 1941 года в ряды вооружённых сил были призваны более 1500 работников комбината. Через месяц ещё 250 человек ушли добровольцами в народное ополчение. Из 85 сотрудников была сформирована третья рота Таганского истребительного батальона. Более 700 сотрудников погибли на фронте.
Места ушедших на фронт сотрудников заняли женщины, подростки и пенсионеры. Их в кратчайшие сроки обучили необходимым профессиям, что позволило комбинату продолжить работу.
В годы войны на комбинате начали производить пищевые концентраты для Красной армии, а также супы-пюре, каши и кисели. Суточная выработка этих продуктов превышала 20 тонн, что позволяло обеспечить питанием тысячи бойцов фронта.
Кроме того, было налажено производство новых видов продукции для питания работников тыла. Всего за годы войны комбинатом было произведено:
- 65 миллионов литров мясного бульона;
- 69 миллионов растительных котлет;
- 10 миллионов литров суфле;
- 7 тысяч тонн омлета.
Также Микояновский комбинат наладил производство медицинских препаратов на основе эндокринного сырья, получаемого при убое скота. Выпускались инсулин, адреналин, антиатрофин, питуитрин, церебрин, медицинский пепсин и другие препараты. Если в 1942 году комбинат производил всего 4 наименования органопрепаратов, то в 1944 году их было уже 40. На Микояновском и Ленинградском мясокомбинатах впервые в стране начали вырабатывать пенициллин.
Коллектив мясокомбината участвовал в сборе средств на производство вооружения и военной техники для нужд армии. Например, для танковой колонны «Москва» было собрано 604 тысячи рублей.
За обеспечение подразделений Красной армии вооружением и продуктами предприятию было передано на вечное хранение боевое знамя 1-й гвардейской Московской краснознамённой стрелковой дивизии. 24 января 1944 года коллектив был отмечен орденом Ленина за «образцовое выполнение заданий правительства по снабжению продуктами питания Красной армии и Военно-Морского Флота». Орденами и медалями были награждены 67 работников комбината, которые особо отличились при выполнении производственных заданий.
Среди награждённых был лётчик Виктор Талалихин, который до войны работал на предприятии обвальщиком. Он стал известен как автор первого ночного тарана. 7 августа 1941 года в подмосковном небе на истребителе И-16 он сбил немецкий бомбардировщик, направив на него свой самолёт, когда закончились боеприпасы. За этот подвиг Виктору Талалихину было присвоено звание Героя Советского Союза.