1. Прошлое Китаны и захват Эдении
Фильм начинается с флешбэка. Шао Кан убивает короля Джеррода и захватывает Эдению. После этого он забирает королеву Синдел и принцессу Китану, фактически превращая их в часть своего правления.
Этот пролог сразу показывает главную угрозу фильма: Шао Кан — не просто очередной злодей, а завоеватель, который уничтожает целые миры и подчиняет себе их правителей.
2. Подготовка к турниру
Проходит около двадцати лет. Десятый турнир Mortal Kombat уже близко. По приказу Шао Кана, Quan Chi возвращает к жизни погибших бойцов — Кун Лао и Кано. Но Кано оказывается слишком испорченным даже для магического контроля, поэтому полностью подчинить его не получается.
Тем временем в Земном царстве Рейден и Соня находят Джонни Кейджа — бывшую звезду боевиков, который давно растерял славу. Его хотят сделать пятым чемпионом Земли вместе с Соней, Лю Каном, Джаксом и Коулом Янгом. Но Джонни сначала не хочет участвовать: он воспринимает всё как безумие и не считает себя настоящим героем.
3. Начало турнира
Турнир начинается жёстко. Соня выходит против Синдел и в итоге убивает её. Джонни насильно переносят на бой с Китаной. Он проигрывает, но Китана неожиданно сохраняет ему жизнь, нарушая приказ Шао Кана.
После этого раскрывается важная деталь: Китана на самом деле тайно работает на Рейдена. Она не верна Шао Кану и хочет освободить Эдению. Но её телохранительница Джейд узнаёт о предательстве и начинает ей противостоять.
4. Амулет Шиннока и бессмертие Шао Кана
Quan Chi получает украденный амулет Шиннока у Кано. Затем он, Шан Цунг и воскрешённый Кун Лао нападают на Рейдена и забирают большую часть его силы.
Эту силу связывают с Шао Каном через амулет, и злодей становится практически бессмертным. Рейден после этого оказывается почти мёртв: он жив, но сильно ослаблен и не может нормально защищать бойцов Земли.
5. Бои чемпионов
Во втором раунде Лю Кан сражается с Кун Лао. Он пытается достучаться до друга и вернуть его, но понимает, что тот уже не тот человек. В итоге Лю Кан вынужден убить Кун Лао.
Джакс сражается с Джейд и побеждает её, но не убивает. Он щадит её в ответ на то, что Китана ранее пощадила Джонни.
Коул Янг выходит против Шао Кана и даже смертельно ранит его. Но из-за амулета раны мгновенно заживают. После этого Шао Кан убивает Коула.
6. План против Шао Кана
Герои понимают: пока амулет действует, Шао Кана невозможно победить. Лю Кан, Джакс, Соня и Джонни отправляются к таркатанам, чтобы найти скрытый путь во дворец Шао Кана.
Там Джонни сражается с Баракой и побеждает его. После этого он впервые начинает реально верить в себя. Барака признаёт его силу и помогает героям найти тайный проход.
Параллельно Китану захватывают. Шао Кан выставляет её в цепях на площади, чтобы наказать за предательство.
7. Новые потери
Герои пытаются добраться до амулета, но всё идёт не по плану. Шао Кан убивает Джакса. Лю Кана и Соню забирают на следующий раунд турнира.
В этот момент Кано снова играет в свою игру. Он предаёт Шао Кана, потому что понимает: богатства и удовольствия Земного царства ему ближе, чем служба Внешнему миру. Кано сообщает Джонни, что амулет находится у возрождённого Би-Хана, теперь известного как Нуб Сайбот, в Нижнем мире.
Рейден использует остатки своей силы, чтобы отправить Джонни и Кано туда.
8. Финальный раунд
В финальном раунде Шао Кан смертельно ранит Лю Кана. Перед смертью Лю Кан понимает, что он не «избранный» в привычном смысле. Он превращается в огонь и говорит, что спасёт павших.
Соня освобождает Китану, но сама оказывается вырублена Шао Каном. Формально Шао Кан выигрывает турнир для Внешнего мира.
Но Китана открыто отрекается от Шао Кана и переходит на сторону Земного царства. Благодаря этому у Земли появляется ещё один чемпион, и Китана вызывает Шао Кана на бой.
9. Бой в Нижнем мире
Тем временем Джонни и Кано объединяются с духом Хандзо Хасаши — Скорпионом. К ним также присоединяется изменившая сторону Джейд.
Они сражаются с Би-Ханом / Нуб Сайботом и уничтожают амулет. В этот момент у Джонни наконец пробуждаются его настоящие силы.
Когда амулет разрушен, Шао Кан теряет бессмертие.
10. Падение Шао Кана
Став смертным, Шао Кан уже не может быстро восстанавливаться. Китана сражается с ним, снимает с него маску и убивает его.
После смерти Шао Кана Эдения освобождается, а Китана становится её королевой.
Шан Цунг пытается воспользоваться слабостью Рейдена и убить его, но разрушение амулета возвращает Рейдену силу. Он легко побеждает Шан Цунга.
11. Финал
В финале Джонни, Соня, Рейден, Китана, Джейд и Барака встречаются с Кано. Тот приводит пленённого Quan Chi.
Герои хотят использовать Quan Chi, чтобы вернуть к жизни павших чемпионов — Лю Кана, Джакса и других. Фильм заканчивается с явным намёком на продолжение и на то, что история погибших бойцов ещё не закончена.