Необходимость в замене устаревших легкомоторных самолётов По-2 и УТ-2 возникла ещё до Великой Отечественной войны, но война изменила планы авиаконструкторов. Сразу после войны ОКБ А. С. Яковлева начало проектировать лёгкий самолёт многоцелевого назначения по личному заданию И.В. Сталина. Конструкторы стремились создать дешёвую, простую в производстве и неприхотливую в эксплуатации машину, которую можно было бы использовать для перевозки пассажиров, почты и грузов на коротких местных линиях; как санитарную; для аэропосева, подкормки растений удобрениями, опыления зелёных насаждений; в аэроклубах для буксировки планеров и для обучения прыжкам с парашютом.
В 1946 году самолёт прошёл испытания. Почти сразу же было начато серийное производство. Основной вариант Як-12 обладал хорошими для своего класса машин лётными данными. Самолёт оснащался радиостанцией и приборами, обеспечивающими возможность полётов ночью и в сложных метеоусловиях, длина разбега 120 м, пробега − 150 м. Модифицированный Як-12М выпускался в Польше под обозначением PZL-101 Gawron.
Фактически под обозначением Як-12 выпускалось три разных серийных самолёта одного класса, внешне похожих, но имевших существенные отличия в аэродинамике и конструктивно-силовой схеме планера, а также различные двигатели и системы управления:
изначальный вариант Як-12 с простым деревянным крылом и двигателем М-11 и Як-12А с усовершенствованным деревянным крылом
Як-12М с полностью переделанной задней частью фюзеляжа и оперением, часть модификаций с двигателем АИ-14
Як-12Р с цельнометаллическим крылом, фюзеляжем значительно большего объёма, двигателем АИ-14 и штурвальным управлением (аналогичным Як-18Т).
В 1972 году эксплуатация Як-12 в гражданской авиации СССР была прекращена в связи с выработкой установленного ресурса и сроков службы.
Самолёты Як-12 с моторами М-11ФР, а позже Як-12Р, Як-12М и Як-12А широко эксплуатировались в ДОСААФ. На 15 сентября 1975 г. в ДОСААФ находилось 387 самолётов типа Як-12М, в том числе 120 числились в ремонте. Самолёты Як-12 эксплуатировались в ДОСААФ до 1989 года, а некоторое количество самолётов оставалось там на хранении ещё в течение нескольких лет.
Небольшое число этих самолётов остаётся в эксплуатации до настоящего времени (в частных аэроклубах). Всего было построено 4992 единиц.