26 мая 1232 года папа римский Григорий IX направил первых инквизиторов в королевство Арагон на Пиренейском полуострове. Это событие положило начало систематической деятельности инквизиции в Испании, которая через два с половиной века трансформировалась в Испанскую инквизицию — одну из наиболее известных и жёстких инквизиционных структур в истории. В начале XIII века Южная Франция и прилегающие территории Арагона столкнулись с широким распространением катарской ереси, также известной как альбигойство. Катары отвергали многие догматы католической церкви, проповедовали дуализм и отрицали церковную иерархию. Движение получило поддержку среди различных слоёв населения, включая знать. Папа Иннокентий III предпринял попытки искоренить ересь проповедью и миссионерской деятельностью, но безуспешно. В 1209 году был организован Альбигойский крестовый поход против катаров в Южной Франции, продолжавшийся с перерывами до 1229 года. Военная кампания подавила ересь силой, но не искоренила её полност