В 1990 году Евгений Пригожин занялся предпринимательством. Его первым бизнесом стала продажа хот-догов. Открыть бизнес Евгению помог его отчим — производство было частично расположено у них дома. С 1991 по 1997 год управлял сетью продовольственных магазинов «Контраст». В 1995 году открыл бар-магазин «Винный клуб». В 1996 году открыл ресторан «Старая таможня» — первое «элитное» заведение в Санкт-Петербурге. Позже в Санкт-Петербурге появились его рестораны «Строгановский дворец», «Русский китч» и «Семь сорок». В 1996 году основал компанию «Конкорд кейтеринг». В 1997 году открыл ресторан New Island на теплоходе, где через два года ужинали российский премьер-министр Сергей Степашин и Мишель Камдессю, распорядитель Международного валютного фонда (МВФ). С 2002 по 2012 год руководил сетью блинных «Блин! Дональт's», которая послужила основой для создания комбинатов питания. К 2016 году стал монополистом на рынке питания в школах Москвы. Также Евгений Пригожин занимался строительным биз