В Новой Испании (Мексике) после завершения первого этапа войны, несмотря на не прекращавшуюся партизанскую войну, властям удавалось держать ситуацию под контролем. В 1818–1819 годах все попытки возродить освободительное движение были пресечены, но революция в метрополии, повергшая в замешательство колониальную администрацию, вдохновила сторонников независимости. Спецификой Мексики было то, что в освободительном движении приняла самую активное участие та часть компрадорской креольской верхушки, которая была связана с колониальной администрацией. Ее лидеры, опасаясь радикальных реформ в колониях, призывали изолировать Мексику от влияния либерального правительства Испании, пришедшего к власти в результате революции 1820 года. Для достижения этой цели они готовы были выступить за независимость Мексики и взять власть в стране в свои руки.
Политическая платформа этой части креольской знати была сформулирована полковником Агустином Итурбиде, которого вице-король опрометчиво назначил командиром карательных войск (на первом этапе войны Итурбиде выступил на стороне испанцев в качестве активного душителя освободительного движения, и колониальные власти безоговорочно ему доверяли). В феврале 1821 года Итурбиде выступил в городке Игуала с обращением к мексиканскому народу, получившим название «план Игуала». В нем было сформулировано будущее устройство Мексики как конституционной монархии, основанной на принципах «религии, единения и независимости». Собственные монархические амбиции Итурбиде поначалу не афишировал, но именно они превратили его в фанатичного сторонника независимости Мексики. Ради этой цели он готов был привлечь на свою сторону любые силы, даже начал переговоры с партизанскими руководителями, пообещав установление полного равенства всех граждан без различия цвета кожи, расы, социального происхождения и имущественного положения. В условиях, когда демократическое движение в Мексике было разгромлено, инициативу при решении исторической задачи создания независимого государства взяли в свои руки консервативные круги колониального общества.
Армия Итурбиде не встречала сопротивления испанцев, видевших в нем наименьшее для себя зло. 28 сентября 1821 года в захваченном Мехико была провозглашена независимость Мексиканской империи. К концу 1821 года вся Мексика оказалась под контролем Итурбиде. 19 мая 1822 года, опираясь на армию, он провозгласил себя императором Мексики под именем Агустина I, но смог продержаться у власти всего девять месяцев. Не желая выполнять данные повстанцам обещания и проводить внутриполитические реформы, новый император сосредоточил усилия на разработке экспансионистской внешней политики. Это повышало роль армии — его главной социальной опоры.
После завоевания в 1821 году независимости Гватемалой (включая Сальвадор и Коста-Рику), а также побед освободительного движения в Гондурасе и Никарагуа Агустин I предложил им войти в состав Мексиканской империи. Под давлением Итурбиде, рассчитывавшего, что заслуги по собиранию центральноамериканских земель облегчат ему путь на трон, гватемальское правительство 5 января 1822 года официально объявило о вхождении своей страны в Мексиканскую империю. Не согласившаяся с этим решением провинциальная хунта Сальвадора заявила об отделении своей провинции от Гватемалы. На подавление недовольных была направлена мексиканская армия. В ходе военной операции мятежные провинции были покорены, и к началу 1823 года большая часть Центральной Америки была практически аннексирована Мексикой.
Имперская политика требовала дополнительных государственных расходов и отвлекала внимание императора от проблем внутренней политики, включая контроль над теми силами, которые были использованы Итурбиде лишь временно для придания массовости движению за отделение от Испании. Обнаружив, что новая власть не намерена ничего менять в положении рядовых подданных, партизанские вожди Висенте Герреро, Николас Браво и другие возобновили военные действия. Креолы также были разочарованы сохранением привилегий колониальных чиновников.
Возрожденное республиканское движение приняло характер антимонархической вооруженной борьбы. В марте 1823 года империя пала, а Итурбиде, объявленный узурпатором и врагом государства, отрекся от престола (после неудачной попытки вернуть трон в 1824 году он был расстрелян). 4 октября 1824 года в Мексике была принята республиканская конституция, подтвердившая независимость от Испании и любой другой иностранной державы.
Снятие имперских пут вызвало всплеск сепаратистского национализма в центральноамериканских провинциях Мексики, объявивших о незаконности их аннексии. 1 июля 1823 года возникла суверенная Федеративная республика Соединенных провинций Центральной Америки.
Таким образом, к 1824 году колониальное владычество Испании удерживалось только в Верхнем Перу (будущая Боливия) и небольших изолированных районах. Завершить Войну за независимость в масштабах всей Испанской Америки можно было, только ликвидировав последние немногочисленные очаги колониализма. Решением этой задачи занялись Сукре, Боливар и их сторонники. Испанские войска по численности, вооружению и боевой подготовке значительно превосходили добровольческую освободительную армию Боливара. Одержать победу можно было только при поддержке местного населения. Боливар издал ряд декретов в интересах индейцев, наиболее значительным из которых был Акт о передаче в личную собственность общинных земель и отмене подушной подати. В результате армия Боливара выросла до 10 тысяч человек, однако силы испанцев насчитывали в полтора раза больше бойцов.
Боливар вновь провел свою армию через Анды, и 6 августа 1824 года в битве на равнине Хунин обратил застигнутую врасплох армию роялистов в бегство. Это сражение знаменито тем, что прошло без единого выстрела с обеих сторон: в течение полутора часов противники сражались только холодным оружием. Другая битва, состоявшаяся 9 декабря 1824 года на равнине Аякучо в Андах и длившаяся всего около часа, закончилась блестящей победой патриотов. Последняя крупная группировка колониальных войск была разгромлена, испанцы понесли огромные потери. В плен Сукре удалось взять полтора десятка испанских генералов и самого вице-короля.
Не желая терять наступательную инициативу, Сукре повел свою армию в Верхнее Перу. Сопротивление остатков испанских войск было крайне вялым. Стало ясно, что реставрировать колониальный режим не удастся. Метрополия не имела сил и возможностей оказать помощь колониальной администрации. Партизанские отряды заняли Ла-Пас прежде, чем туда вступили войска Сукре. 6 августа 1825 года Учредительное собрание провинций Верхнего Перу провозгласило суверенитет. Возглавить страну было предложено С. Боливару, в честь которого было учреждено название Боливия. Проект республиканской конституции Боливии разработал сам Освободитель.
В январе 1826 года капитулировал последний испанский гарнизон, остававшийся в перуанском порту Кальяо. К началу 1826 года Война за независимость испанских колоний в Южной Америке была завершена.
Бразилия также смогла получить независимость. Политическая история португальской колонии отличалась своеобразием. Республиканское движение в ней не было столь массовым, как в Испанской Америке. Большое значение имело размещение в стране на протяжении почти полутора десятилетий резиденции португальского монарха. Плантаторам льстила возможность ощущать себя почти равными колонизаторам и жить в центре Португальской империи. Неравноправие креолов, столь болезненно воспринимавшееся в Испанской Америке, в Бразилии носило завуалированный характер и не побуждало к активному протесту.
Складывавшееся в Бразилии общество и этнически, и культурно, и политически отличалось от испаноязычных соседей. Заметное присутствие в нем негритянского компонента, колоссальные социальные различия между колонизаторами, креолами и чернокожими рабами, а также ряд других обстоятельств способствовали более высокой степени консолидации на обоих полюсах общества. Креольское население, даже в своих беднейших слоях, тяготело к консерватизму, имея все основания опасаться беспощадного бунта рабов. Из среды консерваторов вышли такие противники демократии и республиканского строя, осторожные реформаторы-монархисты, одновременно одержимые идеями национализма и независимости, как Жозе Жоакин да Роша, Карнейру Леан, братья Андрада и др.
Первое вооруженное выступление республиканцев произошло в Пернамбуку весной 1817 года. В его ходе было создано временное правительство, проведен ряд реформ и разработан проект создания органов представительной власти. Выступление крайне напугало колонизаторов. Республика просуществовала только 72 дня. Против нее были направлены подразделения регулярной армии, и удержать власть креольским патриотам не удалось. В течение 1821 года в разных частях страны — Пернамбуку, Баии, Сан-Паулу — происходили волнения и выступления патриотов.
Новый всплеск освободительного движения был связан с революционными событиями 1820 года в Португалии. По требованию кортесов король неохотно вернулся в Лиссабон и через год вынужден был присягнуть Конституции 1812 года. Принц Педру некоторое время оставался в Бразилии регентом. Педру, много лет проживший в Америке, с интересом относился к дискуссиям о будущем бразильского общества в среде молодых представителей креольской знати. Наибольшим влиянием на принца пользовался упоминавшийся известный политик и литератор, убежденный противник революционных методов, Жозе Бонифасиу де Андрада, которому историки ставят в заслугу организацию сравнительно мирного перехода Бразилии к независимости.
В январе 1822 года Педру назначил Ж. Б. де Андраду главой правительства, а в октябре того же года был коронован как император Бразилии Педру I. Португалии пришлось признать новый статус конституционной империи и ее отделение. В результате страна приобрела независимость без войны и смогла сохранить под своей эгидой все провинции, преодолев сепаратизм и хозяйственную разобщенность. В Бразилии не появилось демократических или республиканских лидеров освободительного движения, равных Боливару или его соратникам. Молодой монарх, имевший прочную опору в среде консервативной креольской аристократии, оказался правителем достаточно предусмотрительным, чтобы не позволить выдвинуться представителям армейских кругов и держать под контролем политиков-консерваторов. Среди интеллектуалов и разночинной молодежи были в основном креолы, не находившие широкой поддержки у индейского и негритянского населения. Сторонникам Педру I удалось удержать плантационных рабов от бунта. Более 60 лет значительная часть населения страны оставалась в рабстве. Внутренняя политика императора несла заметный отпечаток консерватизма.