На протяжении второго этапа Войны за независимость действия патриотических сил были более удачны. Объективные причины, обусловившие антиколониальное движение, так и не были устранены, что подпитывало подспудное недовольство. В ходе вооруженной борьбы из среды патриотов выдвинулись молодые лидеры освободительного движения — представители нового поколения креольской элиты, вдохновленные идеями национализма. Молодые офицеры и политики приобрели опыт ведения боевых действий против регулярной испанской армии. Создавая ополчения, они выработали политические навыки взаимодействия с народными массами, извлекли уроки из первых, не всегда удачных, попыток установления республиканского правления и конституционного строя в специфических условиях полиэтнического метисного общества с многоукладной экономикой. Многие из них попробовали себя в роли диктаторов с неограниченными полномочиями.
Задачи колоний и метрополии теперь кардинально разошлись. Антииспанские настроения в колониях резко усилились с реставрацией испанской монархии после разгрома Наполеона. Фердинанд VII усилил борьбу против освободительного движения в южноамериканских колониях. Однако в Испании вспыхнула вторая революция (1820–1823). Она началась с мятежа армейских подразделений, готовых к отправке в колонии с очередной карательной миссией. Офицеры во главе с подполковником Рафаэлем Риего отказались подчиняться приказу. На протяжении трех лет посылать мятежные части в Америку было слишком опасно, что в решающий момент оставило испанские колониальные власти без резервов и подкрепления, которые сыграли определяющую роль в начальный период Войны за независимость.
Очагом, из которого пламя освободительной борьбы распространилось по всему континенту, стала так и не покоренная карателями Ла-Плата. Наибольших успехов достигли патриоты в Парагвае, где после провозглашения республики в 1813 году удалось отбить все попытки испанцев восстановить свою власть. Патриотическое правительство Буэнос-Айреса было явно недовольно сепаратистской политикой этой и некоторых других провинций, например, Восточного Берега (Уругвай). Оно молчаливо согласилось с португальской интервенцией на территорию Восточного Берега, где уругвайским патриотам во главе с Артигасом пришлось самостоятельно организовывать сопротивление. Под ударами превосходящих сил регулярной португальской армии, а также в связи с предательской позицией буэнос-айресских унитариев, стремившихся подчинить провинцию, сторонники самостоятельности Уругвая были в начале 1820 года разгромлены, покинули родину и перебрались в Парагвай.
Неуступчивость внутренних провинций создала реальную угрозу раскола патриотических сил на Рио-де-ла-Плате. Для ее преодоления весной 1816 года в Тукумане был собран конгресс, который объявил независимость Объединенных провинций Ла-Платы и поставил вопрос о государственном строе. Сторонники унитарного государства одержали победу над федералистами. К компетенции «Верховного правителя», которым стал Пуэйрредон, было отнесено назначение губернаторов провинций.
В том же 1816 году скрывавшийся от испанцев на Ямайке С. Боливар начал готовить десантную операцию с целью освобождения Венесуэлы. В то время он и его сподвижники осознали важность решения социальных проблем, в первую очередь необходимость освобождения рабов. После нескольких неудачных попыток небольшой отряд Боливара высадился в устье Ориноко, одержал ряд побед на северо-востоке страны и при поддержке населения начал освободительный поход. Под знамена Боливара встали не только освобожденные рабы и индейские крестьяне, но также креольская знать, обнадеженная декретами о конфискации собственности испанской короны, и представители различных неимущих слоев общества, которые откликнулись на декреты о наделении землей всех солдат освободительной армии. Как и во времена североамериканской Войны за независимость, в Новый Свет потянулись добровольцы из многих европейских стран, для которых борьба с тиранией на родине была невозможна в силу господства международной реакции под эгидой Священного союза (общая численность иностранных волонтеров превышала пять тысяч человек). В армии Боливара сражались и волонтеры из России. Из США поступали боеприпасы и оружие, приезжали добровольцы.
На юге континента к концу 1816 года была сформирована Андская армия Сан-Мартина, в которую влились чилийские отряды О’Хиггинса.
Она двинулась на Чили, совершила героический переход через Анды, застала врасплох испанские войска и нанесла им серьезное поражение в битве при Чакабуко в феврале 1817 года.
После этого дорога на Сантьяго была открыта. Восставшие жители города облегчили разгром главных роялистских сил и провозгласили верховным правителем Чили Сан-Мартина, который, сославшись на необходимость продолжать войну, передал эти функции О’Хиггинсу.
В начале 1818 года была подписана декларация о независимости Чили. После отражения попыток колонизаторов взять реванш в том же году была принята временная конституция, регламентировавшая жизнь в стране и подтверждавшая полномочия правителя, которым до 1823 года оставался О’Хиггинс.
Эти события получили отклик во всех испанских колониях Америки. В течение 1817–1818 годов армия Боливара на севере Южной Америки одержала ряд побед. Чтобы закрепить их, патриоты, не дожидаясь падения столицы, собрали второй Национальный конгресс в Ангостуре. 15 февраля 1819 года Венесуэла вновь была объявлена независимой республикой, во главе которой встал С. Боливар.
В поисках наиболее слабых мест обороны противника Боливар направил свою Освободительную армию через Анды в Новую Гранаду. Богота была взята, а затем и значительная часть вице-королевства вышла из-под контроля колонизаторов. Боливара назвали Освободителем Новой Гранады. По предложению Боливара Ангостурский конгресс объединил Венесуэлу и Новую Гранаду в Федеративную республику Великая Колумбия, приняв ее Конституцию, одобренную в Боготе в начале 1820 года. Однако Колумбия пока существовала только на бумаге.
Сан-Мартину на юге тем временем предстояло совершить поход на Перу, ставшее цитаделью испанского владычества в Южной Америке после отвода туда основных сил колонизаторов. Подготовка военной операции проходила в обстановке небывалого энтузиазма широких слоев населения, ободренных блестящими победами освободительной армии и готовых ее поддержать.
В августе 1820 года Сан-Мартин, сразу после получения известия о начале революции в Испании, отправился к своей армии, дислоцированной в Чили. Для похода на Перу был подготовлен флот из военных и транспортных кораблей, переданных англичанами. Ультиматум патриотов перуанскому вице-королю с требованием отказаться от сопротивления и признать независимость Перу был с гневом отвергнут. В августе 1820 года войска Сан-Мартина выдвинулись из Вальпараисо морем вдоль тихоокеанского побережья. По мере продвижения на север, к столице Перу Лиме, Сан-Мартин собирал в свои отряды креольских солдат и офицеров, покидавших армию роялистов и переходивших на сторону восставших.
В Лиме специальные эмиссары Сан-Мартина установили контакт с местными национально-освободительными организациями и начали подготовку народного восстания. Оценив соотношение сил, вице-король предпочел сохранить армию, и 21 июля 1821 года колониальные войска без боя отступили к северу, сохранив контроль над значительной частью страны, включая Верхнее Перу. Войдя в Лиму, Сан-Мартин 28 июля 1821 года провозгласил независимость страны и стал протектором Перу. Были изданы первые декреты новой власти, открывшие для иностранных кораблей перуанские порты, провозгласившие гражданские свободы и отменившие принудительные трудовые повинности индейских крестьян.
Известие об испанской революции придало новых сил не только южанам, но и северной армии Боливара, которой еще предстояло освобождать Венесуэлу. В то время как армия Сан-Мартина шла с юга на север, Боливар продвигался ей навстречу. Ему удалось временно нейтрализовать испанские войска, подписав в 1820 году соглашение о перемирии с генералом Морильо, переставшим получать инструкции из Мадрида. Уже в 1821 году, когда повстанцы собрались с силами, война возобновилась, и столица Венесуэлы Каракас пала. Потери колонизаторов были весьма значительны. Появилось много перебежчиков, не желавших воевать на стороне терявшего власть испанского монарха.
6 мая 1821 года была принята Конституция Колумбии, объявленной по настоянию Боливара централизованной унитарной президентской республикой. Столицей стала Богота. После освобождения осенью того же года Панамы она была включена в состав Колумбии. Такой же была судьба освобожденного в 1822 году Кито (Эквадор), где королевские войска были разгромлены соратником Боливара генералом Сукре.
Образовавшееся сильное и крупное государство могло оказать поддержку южанам, армия которых катастрофически теряла боеспособность в условиях непривычного климата предгорий. Протектор Перу Сан-Мартин пригласил Боливара на личную встречу. Она состоялась 26–27 июля 1822 года в Гуаякиле. Историки до сих пор спорят о содержании переговоров, которые носили конфиденциальный характер и никак не комментировались участниками. Найти общий язык лидерам не удалось. Ярый республиканец Боливар остро реагировал на доводы Сан-Мартина — известного приверженца конституционного монархизма. Он отверг как предложение прислать на помощь южанам свою армию (считал, что она должна прежде подавить оставшиеся очаги сопротивления в Колумбии), так и идею взять под свое командование армию Сан-Мартина (счел недостойным воспользоваться плодами чужих трудов). Однако протектор Перу решил, что во имя победы общего дела ему следует уступить пальму первенства амбициозному и бескомпромиссному Боливару, популярность которого была в тот период необыкновенно высока как в Америке, так и за ее пределами. Вернувшись в Лиму осенью 1822 года, Сан-Мартин сложил с себя командные и административные полномочия и отбыл в Европу, завершив свою политическую карьеру.
В декабре 1822 года была принята демократическая конституция, и Перу стало республикой. Новое правительство во главе с генералом Ла Маром не смогло справиться с военными задачами и было смещено. С просьбой возглавить вооруженные силы обратились к Сукре и Боливару. Они были торжественно встречены населением Лимы. Под угрозой роялистского мятежа в Перу Боливар был наделен диктаторскими полномочиями для решения задачи окончательного изгнания испанцев. Креольская аристократия с недоверием отнеслась к Освободителю, опасаясь возможности присоединения Перу к Колумбии и проведения либеральных экономических реформ, не соответствовавших ее интересам. Были предприняты попытки установить контакты с испанцами. Удержать Лиму в условиях саботажа креольской аристократии Боливару не удалось. Вскоре большая часть страны была возвращена под власть роялистов. Поражение было воспринято Боливаром как временная неудача. Испанский колониальный режим находился на грани крушения.