Малоизвестной русско-тлинкинтской войной принято называть серию боестолкновений между русскими колонистами и индейцами-тлинкитами (одним из коренных народов Аляски) за контроль над островом Ситка и всей Юго-Восточной Аляской.
Впервые русские промышленники встретились с тлинкитами в 1792 году у острова Хинчинбрук. Уже тогда завязался бой с неопределённым исходом. Глава партии промышленников Александр Баранов едва не погиб. Индейцы отступили, но русские не задержались на острове и отправились на остров Кадьяк. Тлинкиты были вооружены деревянными куяками, лосиными плащами и шлемами с изображениями животных и мифических существ.
В 1799 году помощник Баранова Василий Медведников прибыл к западному берегу острова Ситка на бриге «Орёл». Вскоре прибыл и сам Баранов. Была заложена крепость Святого Архистратига Михаила, или Михайловская крепость.
Старейшины тлинкитов — Скаутлельт, Коухкан и Скаатагеч — встретились с Барановым в новом поселении. Начальником крепости назначили Медведникова. Баранов приказал своим не брать у индейцев ничего даром. В мае 1802 года началось мощное восстание тлинкитов, которые хотели изгнать русских и их байдарочные флотилии. Первая стычка произошла 23 мая, когда отряд Ивана Кускова шёл на промысел калана. В июне 600 индейцев под предводительством вождя Катлиана атаковали Михайловскую крепость, где оставалось всего 15 человек. Через день тлинкиты уничтожили партию Василия Кочесова, возвращавшуюся в крепость. В ночь с 19 на 20 июня отряд Баранова (165 человек) был атакован в районе пролива Фредерик и разгромлен.
Английский бриг «Юникорн» под командованием прибыл позже, и спас выживших русских и эскимосок с Кадьяка, потопил несколько каноэ и вынудил индейцев выдать пленных и награбленные меха. Англичане забрали пушнину и отправились на Кадьяк с пленными, за которых Баранов потребовал выкуп в 10 000 каланьих шкур.
Потеря Михайловской крепости нанесла серьёзный удар по русским колониям и Баранову. Общие потери составили 24 русских и около 200 эскимосов, чугачей и алеутов. В начале 1803 года Баранов отправил галиот «Св. Александр Невский» в залив Якутат к Ивану Кускову. Кусков убедил его не спешить с карательной экспедицией.
В 1804 году Баранов отправился завоёвывать Ситку с отрядом из 150 русских, 900 эскимосов и индейцев денаина. В сентябре он прибыл на остров и обнаружил шлюп «Нева» Юрия Лисянского. Индейцы построили деревянную крепость с несколькими сотнями защитников. Русские обстреляли поселение и начали штурм, но он был отбит. Баранов получил лёгкое ранение. Осада продолжалась, и индейцы, осознав, что сопротивление бесполезно, покинули крепость, сбежав на восточную часть острова. В покинутом укреплении обнаружили старух и убитых детей.
В октябре 1804 года над поселением подняли русский флаг. Началось строительство нового поселения, вскоре превратившегося в город Ново-Архангельск. Потери русской коалиции составили около 20 человек. 20 августа 1805 года воины-эяки во главе со своими старейшинами Танухом и Лушваком и их союзники из числа тлинкитов другого клана сожгли Якутат и перебили остававшихся там русских. Нападение тщательно спланировал и организовал Танух, который, пользуясь доверием, вошёл в крепость и убил начальника крепости, после чего, согласно индейским преданиям, по его сигналу «каждый воин убил своего русского». Из всего населения русской колонии в Якутате в 1805 г. погибло, по официальным данным, 14 русских «и с ними ещё много островитян», то есть кадьякцев и чугачей. Основная же часть партии вместе с Демяненковым, убедившись, что Якутат сожжён, отправилась в дальний морской переход и была потоплена в море налетевшей бурей. Тогда погибло около 250 человек. Спаслись только около 30 человек, которые в силу крайнего изнеможения отказались плыть в море, решили сдаться тлинкитам и двигались вдоль берега. Падение Якутата стала ещё одним тяжёлым ударом для русских колоний. Была утрачена важная хозяйственная и стратегическая база на побережье Америки.
В дальнейшем с индейцами удалось заключить перемирие, и РАК (Российско-американская компания) пыталась вести промысел каланов в водах архипелага Александра с помощью байдарочных флотилий под прикрытием вооружённых русских кораблей, так как тлинкиты порой осуществляли нападения на участников промысловых партий.
В результате нападений индейцев были уничтожены 2 русские крепости и селение в Юго-Восточной Аляске, погибло около 45 русских и более 230 туземцев (ещё приблизительно 250 стали косвенными жертвами конфликта в Якутате). Всё это на несколько лет остановило продвижение русских в южном направлении вдоль северо-западного побережья Америки. Индейская угроза и в дальнейшем сковывала силы РАК в районе архипелага Александра и не позволяла приступить к систематической колонизации Юго-Восточной Аляски. Однако после прекращения промысла в угодьях индейцев отношения несколько улучшились, и РАК возобновила торговлю с тлинкитами и даже позволила им восстановить родовое селение возле Новоархангельска.
После заключения формального перемирия взаимная враждебность постепенно сглаживалась, но ни одна из сторон не могла с полным на то правом причислить себя к победителям. Тлинкиты не достигли своей цели – им не удалось изгнать русских со своих земель. Но и РАК не добилась своего – не удалось сломить сопротивления индейцев, поставить их в полную зависимость от себя, как то случилось с населением Кадьяка и Алеутских островов. Война, в которой не одержала верх ни одна из сторон, закончилась взаимоприемлемым, если не взаимовыгодным, компромиссом. Российско-Американская компания всё же сумела закрепиться на юго-восточном побережье Аляски, получая прибыль как от торговли, так и от эксплуатации природных ресурсов края. Тлинкиты же, извлекая выгоду из торговли с русскими, сумели отстоять и свои охотничьи угодья, и свою независимость; ловко играя на противоречиях между русскими, англичанами и американцами, пользуясь преимуществами своего буферного положения, они распространили своё влияние на ряд племён материковой Аляски. Помимо этого, им отчасти даже удалось достичь желаемой цели – к 1821 г. русские промысловые партии были практически вытеснены из проливов, полностью вернувшихся под контроль тлинкитских кланов. В 1806 году тлинкиты продолжали навещать русское заселение, прибывая группами по 10-15 человек и осматривая при этом русские укрепления.
В 1850 году тлинкиты устроили несколько ссор и драк с русскими на рынке и в лесу близ Ново-Архангельска. В ответ на эти провокации главный правитель Н. Розенберг объявил индейцам, что в случае продолжения беспорядков он распорядится вообще закрыть рынок и прервёт с ними всякую торговлю. Реакция индейцев на этот ультиматум носила беспрецедентный характер: утром следующего дня они предприняли попытку захватить Ново-Архангельск. Часть из них, вооружившись ружьями, засела в кустах у крепостной стены; другая, приставив заранее заготовленные лестницы к деревянной башне с пушками, так называемой «Колошенской батарее», едва не овладела ею. К счастью для русских, часовые были начеку и вовремя подняли тревогу. Подоспевший на помощь вооружённый отряд сбросил вниз трёх уже влезших на батарею индейцев, а остальных остановил.
В ноябре 1855 произошёл ещё один инцидент, когда несколько туземцев захватили Андреевскую одиночку в нижнем течении Юкона. В это время здесь находились её управляющий — харьковский мещанин Александр Щербаков и двое служивших в РАК работников-финнов. В результате внезапного нападения байдарщик Щербаков и один рабочий были убиты, а одиночка разграблена. Оставшемуся в живых служащему РАК Лаврентию Керянину удалось бежать и благополучно добраться до Михайловского редута. Немедленно была снаряжена карательная экспедиция, которая разыскала скрывавшихся в тундре туземцев, разоривших Андреевскую одиночку. Они засели в бараборе (эскимосской полуземлянке) и отказывались сдаваться. Русские вынуждены были открыть огонь. В результате перестрелки пятеро туземцев были убиты, а одному удалось бежать.
Когда в 1989 году в центре Ситки был установлен памятник А. Баранову, это вызвало протесты активистов коренных народов. Перед установкой неизвестные отрезали ему нос, позжн восстановленный.
Взгляды на примирение русских и тлинкитов не раз подвергались пересмотру. Городской совет Ситки в 2020 году решил переместить памятник А. Баранову из центра города в исторический музей. В резолюции, принятой на заседании, отмечается, что хотя Баранов оставил «неизгладимый отпечаток» в истории Ситки, но при этом руководил «порабощением, убийствами и грабежами коренного населения Аляски» — тлинкитов и алеутов. «Из-за жестокости Баранова тлинкиты дали ему прозвище „Бессердечный“. Насилие, которое он совершал, стало исторической травмой коренного населения и до сих пор причиняет боль его представителям». Да уж, историческая политика – дело крайне специфическое, неблагодарное и крайне сложное.