Война за независимость США
Квебек
Весной 1776 года Джон Салливан получает назначение на должность командующего американскими войсками в Квебеке.
Когда Салливан прибыл к войскам, то нашёл их с низким боевым духом и плохо обеспеченными. Он предпринял атаку на Труа-Ривьере, наступление захлебнулось. Он собрал остатки своих войск и отошёл к Краун-Пойнт. За отступление Конгресс США пытался повесить на него все неудачи вторжения в Канаду.
9 августа 1776 года Джордж Вашингтон его оправдал и присвоил ему звание генерал-майора.
Лонг-Айленд
Вашингтон отозвал Салливана из Канады и поставил командующим в Лонг-Айленд. Ему было приказано защищать Нью-Йорк. Его противником стал генерал Хоу.
23 августа 1776 года на эти войска старшим был поставлен Израэл Патнэм. Из-за этого назначения случилась путаница, войска не поняли кто командует, и следствием этого стало поражение в сражении у Лонг-Айленда. Салливан храбро сражался, но поражение случилось, а он попал в плен.
Салливан в конце августа 1776 года совершил кавалерией рейд против квакеров , которые жили в Статен-Айленд.
Американская армия успеха не имела, терпела одно поражение за другим. В сентябре 1777 года в сражении под Брендивайном на отряд Салливана у брода Бринтон совершена внезапная атака, в отряде началась паника, но Джон быстро навёл порядок и вывел отряд из под удара. Его прикрыл отряд Натанаэля Грина.
В бою у Джермантаун отряд Салливана нанес удар по лёгкой пехоте англичан, которые спаслись бегством и густой туман не дал развить успех.
Род-Айленд
В первой половине 1778 года Джон Салливан назначен командовать войсками в Род-Айленд. Он должен был во взаимодействии с французскими ВМС осадить порт Ньюпорт. Задача была не выполнена, французскую эскадру разогнал английский флот и шторм. А в августе 1778 года английская армия перешла в атаку и нанесла поражение войскам Салливана.
Экспедиция Салливана против ирокезов
Летом 1779 года получил приказ уничтожить племена индейцев-ирокезов, которые были сторонниками англичан. Подразделения Салливана успешно справились с карательной экспедицией против индейцев. Солдаты и офицеры сожгли 40 деревень, уничтожили посевы и запасы еды. 5000 человек было согнано с родной земли, погибло 200 мужчин, женщин и детей. Многие беженцы умерли ещё в 1779 - 1780 гг.
В современной истории к этому событию неоднозначное мнение, с одной стороны геноцид местного населения, с другой этническая чистка. Конгресс обвинил генерала в жестокости и отказал в поддержке. Салливан обиделся подал в отставку.
В 1779 году он вернулся в Нью-Гэмпшир.
В ноябре 1780 году он был что выбран делегатом конгресса на один год. Будучи конгрессменом он пытался решить проблему дефицита бюджета Конфедерации, договаривался с французским министром и ему удалось добиться финансовой поддержки от Франции.
Так же последнее дело Салливана в конгрессе было избрание Роберта Ливингстона на пост министра иностранных дел.
11 августа 1781 года Джон Салливан сложил полномочия делегата конгресса.
В 1782 году Джон Салливан стал генеральном прокурором штата Нью-Гэмпшир.
В 1786 год он спикером Палаты представителей.
Он провел ратификацию конституции в Нью-Гэмпшире 21 июня 1788 года.
В 1786 и 1877 гг. был президентом Нью-Гемпшира.
24 сентября 1789 года президент Вашингтон выдвинул кандидатуру Салливана на должность судьи окружного суда Соединённых Штатов в округе Нью-Гэмпшир. Конгресс утвердил.
Смерть
Джон Салливан умер 23 января 1795 года. Ему было 54 года. Похоронен в Дареме.