В медиа давно сложилась картина: NGS пришёл и вытеснил всё, секвенирование по Сэнгеру осталось в музее. На практике в любой нормальной клинической лаборатории Сэнгер работает каждый день, и вытеснять его никто не собирается. Чтобы понять почему, придётся коротко рассказать, как устроены оба метода и почему у них разные роли.
Метод секвенирования по Сэнгеру был придуман Фредериком Сэнгером в 1977 году и принёс ему вторую Нобелевскую премию. Его идея проста: к фрагменту ДНК добавляют полимеразу, четыре обычных нуклеотида и небольшую долю «терминирующих» нуклеотидов с разной флуоресцентной меткой — каждый раз, когда такой нуклеотид встраивается, синтез цепи прекращается. На выходе получается набор фрагментов разной длины, которые разделяются капиллярным электрофорезом, и аппарат читает последовательность как набор цветных пиков. Метод даёт исключительно чистый результат на одном фрагменте длиной до 800–1000 нуклеотидов и почти не ошибается на отдельной позиции — это его главная ценность.
NGS работает массово-параллельно: одновременно секвенируются миллионы коротких фрагментов, и за один прогон можно прочитать целый экзом или геном. Именно это сделало возможной современную медицинскую генетику — широкие панели наследственных опухолей, экзомное секвенирование, неинвазивный пренатальный тест. Но у массовости есть обратная сторона: на отдельную позицию ошибка NGS выше, чем у Сэнгера, и интерпретация требует биоинформатической обработки и фильтров.
Поэтому в клинической практике Сэнгер занимает три устойчивые ниши. Во-первых, валидация значимых находок NGS: если на широкой панели у пациента нашли патогенную мутацию в BRCA, перед выдачей заключения её принято подтвердить независимым методом — обычно как раз Сэнгером. Во-вторых, точечные тесты, когда в семье уже известна конкретная мутация и нужно проверить её у одного человека: гонять полную панель ради одной точки — расточительно и долго, а Сэнгер закроет вопрос за день. В-третьих, секвенирование сложных участков генома, где NGS «теряется» из-за повторов или гомологичных последовательностей.
Современная диагностика — это не «или-или», а связка обоих методов: NGS как широкий поисковик, Сэнгер как подтверждающий и адресный инструмент. Лаборатории, отказавшиеся от Сэнгера ради экономии, со временем начинают чаще выдавать ошибочные заключения по редким вариантам — это подтверждается аудитами систем внешнего контроля качества. Профессиональные руководства по молекулярной диагностике (рекомендации AMP, CAP, CLSI) прямо предписывают ортогональное подтверждение значимых находок, и на сегодня Сэнгер для этого остаётся самым доступным и надёжным инструментом. Альтернативой может быть подтверждение методом цифровой ПЦР или повторным NGS на другом препарате, но в большинстве лабораторий это дороже и медленнее.
Есть и историческая ниша, где Сэнгер незаменим в эпоху NGS: пренатальное и постнатальное подтверждение в семьях с уже известной мутацией. Когда у одного из родителей или у пробанда выявлена конкретная патогенная замена, а нужно срочно проверить её у плода или у новорождённого, разворачивать NGS-панель — бессмысленный оверкилл, и направленный Сэнгер закрывает задачу за один-два дня.
Каталог исследований и применяемые методы — на https://genomed.ru