Сюжет Metro Exodus продолжает историю хорошей концовки Metro: Last Light, принятой за канон. Действие происходит в 2035–2036 годах, спустя более 20 лет после ядерной войны 2013 года. Главный герой — Артём — вместе с группой рейнджеров ордена «Спарты» отправляется в путешествие на модифицированном паровозе «Аврора» в поисках нового места для жизни за пределами московского метро. После битвы за Д-6 Артём ушёл из Ордена и женился на Анне, дочери полковника Мельника. Артём одержим идеей найти жизнь за пределами метро. Ранее, во времена «Метро 2033», он слышал по радио чьи-то переговоры и теперь уверен, что за пределами Москвы тоже могут выживать люди. История начинается с суровой ядерной зимы и охватывает один год. Экипаж «Авроры» сталкивается с новыми опасностями, мутантами и враждебно настроенными людьми в разных регионах постапокалиптической России и Казахстана. Недалеко от Саратова отряд сталкивается с сектой «техноборцев», поклоняющихся Царь-Рыбе. Сектанты во главе с отцом Силантием п