Сюжет мультфильма Душа начинается с истории Джо Гарднера — школьного учителя музыки, который всю жизнь мечтает играть джаз на большой сцене. Он чувствует, что музыка это его главное призвание, и наконец получает шанс выступить с известной джазовой исполнительницей. В этот момент, когда его мечта почти становится реальностью, он случайно погибает и оказывается в мире, который находится между жизнью и смертью.
В этом пространстве души готовятся к рождению на Земле. Каждая из них должна обрести искру, после чего получает возможность попасть в человеческую жизнь. Джо не принимает свою смерть и пытается сбежать, в результате чего попадает в ситуацию, где его принимают за наставника одной из душ — номер 22. Эта душа уже очень долго не хочет рождаться и не видит смысла в жизни на Земле, несмотря на то, что её наставниками в разное время были выдающиеся личности.
Джо использует ситуацию в своих целях и вместе с 22 попадает в мир живых, но не в своём теле, а в теле кота, а сама 22 оказывается в его теле. Джо стремится как можно быстрее вернуть себе тело и попасть обратно к своей мечте, а 22 постепенно начинает проживать человеческий опыт через простые ощущения, еду, общение, музыку и повседневные моменты, которые раньше казались ей бессмысленными.
В какой-то момент Джо даже не замечает, что ради своего возвращения причиняет вред 22, которая впервые начинает чувствовать ценность жизни. У неё впервые появляется интерес к существованию.
Позже Джо возвращается в мир между жизнью и смертью и сталкивается с образом так называемых потерянных душ — существ, которые полностью поглощены своими навязчивыми мыслями, страхами и идеями, теряя контакт с реальностью. Он понимает, что сам находится в похожем состоянии, потому что его жизнь сузилась до джаза.
В финале Джо получает шанс вернуться к жизни и реализовать свою мечту. Он действительно играет долгожданный концерт, но после него ощущает странную пустоту, потому что ожидал, что это событие полностью изменит его жизнь. Постепенно он начинает замечать, что смысл был не только в самой цели, но и во всех простых моментах пути.
Эта история про то, как человек может настолько сильно зафиксироваться на одной цели, что вся его жизнь начинает подчиняться только ей. Джо жил в состоянии, где будущее полностью перекрывало настоящее. Он не замечал людей, не проживал моменты, не чувствовал радости, потому что всё внутри него было направлено на когда я наконец достигну сцены, тогда и начнётся настоящая жизнь.
22, наоборот, показывает другую крайность — полное обесценивание жизни ещё до её начала. Это состояние похоже на отказ от опыта из-за страха разочарования или ощущения собственной неполноценности.
Идея искры в итоге переосмысливается. Она оказывается не про одну конкретную миссию или талант, а про способность быть в контакте с жизнью как таковой. Не только в момент достижений, а в повседневности, в простых вещах, в живом опыте. Джо проходит путь от человека, который живёт только будущим, к человеку, который начинает видеть ценность настоящего.