В 2011 году во дворе жилого дома, построенного в 1930-х прямо на монастырской территории, во время ремонта теплотрассы рабочие наткнулись на 21 артефакт XVII–XVIII веков. Белокаменные надгробия и фрагменты саркофагов могли снова исчезнуть, но волонтеры и настоятель храма Космы и Дамиана протоиерей Федор Бородин занялись исследованием места. В итоге их работа переросла в создание мемориального пространства.
Сама обитель впервые упоминается в летописях под 1412 годом. Скорее всего, её основали московские гости (новгородские купцы) как загородное подворье. В 1479 году великий князь Иван III заложил здесь каменный собор в честь своего небесного покровителя Иоанна Златоуста. С этого момента монастырь стал статусным духовным хабом для элиты.
Обитель буквально формировала городскую среду. Именно благодаря ей в Москве появились Большой и Малый Златоустинские переулки. Монастырь веками задавал тон жизни в округе. Его колокольни доминировали над районом, а по богатству и влиянию на государственные дела он соперничал с крупнейшими монастырями страны. Это был настоящий культурный и политический центр Белого города, где решались важные вопросы и молились о благополучии государей.
Советский период прошелся по этому величию катком. В 1918-м монастырь закрыли, а к середине 1930-х почти все постройки, включая собор, снесли ради дома для сотрудников НКВД. Из исторического наследия уцелел лишь келейный корпус да фрагменты мощения.
При раскопках обнаружили десятки плит, в том числе захоронения сподвижников Петра I. Главной сенсацией стала плита адмирала Фёдора Апраксина — одного из создателей русского флота, чья могила долгое время считалась утраченной.
Сегодня часть этих находок выставлена под открытым небом во дворе дома №5 по Большому Златоустинскому переулку. Предметы поменьше хранятся в музейной комнате при храме.