Серафимо-Знаменский скит основала в 1910 г. игуменья Ювеналия (в миру княжна Тамара Александровна Марджанишвили, с 1916 г. схиигуменья Фамарь), он был заложен в 1910 г. Строительство скита продолжалось два года. Скит освятил в 1912 г. митрополит Московский и Коломенский Владимир (Богоявленский).
Серафимо-Знаменский скит занимает особое место среди монастырей и других религиозных центров Подмосковья. Его история связана с двумя очень яркими историческими личностями — схиигуменьей Фамарь (грузинская княжна Тамара Александровна Марджанова или Марджанишвили, 1869—1936), великой княгиней Елизаветой Федоровной (1864—1918 гг., канонизирована Русской православной церковью в 1992 г.) и митрополитом Московским и Коломенским Владимиром (Богоявленский, умер в 1918 г., канонизирован Русской православной церковью, священномученик). Кроме того, в архитектурно-художественном плане это единственный ансамбль неорусского стиля, замечательный своей художественной цельностью и продуманностью.
Скитские монахини благополучно жили всего пять лет — до конца 1917 г., а затем еще семь лет терпели притеснения от новой власти ради сохранения скита, и все-таки в 1924 г. его закрыли. Затем в строениях скита разместили больницу, потом с 1965 г. — пионерский лагерь и базу отдыха завода. В советский период сломали три из 12 келейных корпусов, их осталось девять. Все строения скита постепенно приходили в упадок.
Когда в 1920-е гг. Серафимо-Знаменский скит был закрыт, матушка Фамарь жила в комнатах ее казненной большевиками подруги — великой княгини Елизаветы Федоровны, в Марфо-Мариинской женской общине. В те тяжелые 1920-е гг. матушка Фамарь организовала кооперативы, в которых монахини изготовляли мягкие игрушки и стегали одеяла; при этом в этих кооперативах тайно велись богослужения. В 1931 г. матушку Фамарь арестовали, заключили в Бутырскую тюрьму, а затем сослали в Иркутскую область, где она заболела горловой чахоткой. Вскоре после возвращения из ссылки в 1936 г. матушка Фамарь умерла в Подмосковье в возрасте 67 лет. Она была похоронена в Москве на Введенском кладбище, где ее могила сохранилась до наших дней (участок № 14).
В 1999 г. здания Серафимо-Знаменского скита вернули Русской православной церкви. А в 2000 г. этот религиозный центр был возрожден как скит, т.е. малый женский монастырь.