Как уже говорилось, подземная добыча алмазов в АЛРОСА началась не на руднике «Интернациональный», а на трубке «Айхал», где 7 апреля 1997 года был образован опытно-промышленный подземный участок (ОППУ). Таким образом Айхальский ГОК первым в компании получил лицензию на подземные работы. В том же году началась выемка приконтуровых запасов «Айхала» открыто-подземным способом. То есть, руда, оставшаяся на дне карьера, отбивалась подземным, а ее вывоз на поверхность происходил погрузчиками и самосвалами открытым способом.
В 1999 году ОППУ был преобразован в подземный рудник «Айхал», который приступил к отработке подкарьерных запасов слоевой системой с закладкой выработанного пространства твердеющими смесями. Вскоре от буровзрывного способа здесь перешли к отбойке руды с применением комбайнов. И только потом приступили к строительству комплекса подземного рудника, который вводили в три этапа. Первый завершили в 2008, в 2010 – второй, а третий торжественно запустили в эксплуатацию 6 апреля 2013 года. При этом мощность рудника увеличилась сперва с 150 до 220, а затем до 500 тысяч тонн руды.
В 2013 году «зарплатный» проект АЛРОСА перешел от МАКбанка к ВТБ, было ликвидировано представительство компании в Санкт-Петербурге. Цеха Удачнинского и Айхальского ГОКов, обслуживающий коммунальный комплекс, присоединены к ПТВС. С целью эффективного использования бюджета геологоразведочного комплекса было принято решение о прекращении с 1 января 2014 года деятельности Арктической ГРЭ. Завершение работ по северным лицензионным участкам было передано ОАО «Алмазы Анабара». Из состава Мирнинского авиапредприятия в дочернее общество выделена авиакомпания «АЛРОСА». Все корпоративные детские дошкольные учреждения объединены в единую автономную некоммерческую организацию «Алмазик». Была принята программа повышения энергоэффективности, предусматривающая обеспечение энергосбережения на уровне 13,5% от прогнозной потребности в топливно-энергетических ресурсах в 2021 г. АЛРОСА впервые провела международный аудит ресурсной базы, подтвердивший у нее крупнейшие в мире запасы алмазного сырья.
В 2013 году около 40% всех алмазов АЛРОСА было получено из руды месторождений подземной разработки, а треть всей продукции дал Айхальский ГОК. Последнее стало возможным за счет отработки блоков с высоким содержанием драгоценных кристаллов трубки «Юбилейная» и выходу на проектную мощность подземного рудника «Айхал». Запланированный выход рудника «Мир» на проектную мощность 1 млн тонн руды осуществить не удалось из-за увеличения водопритоков в подземные горные выработки. Поэтому в Мининском ГОКе основные силы были сконцентрированы на организации стабильной работы водозащитной системы рудника «Мир». Убытки компании в 2013 году от содержания жилищно-коммунального комплекса составили 3,1 млрд, совхоза «Новый» - 454 млн, автодороги «Анабар» - 517,9 млн рублей.