К 1568 году казалось, что герцог Альба фактически задушил восстание в Нидерландах, стремившихся к независимости от Испании. Войскам Вильгельма Оранского было нанесено серьёзное поражение, мятежники были частично уничтожены, частично вытеснены за пределы провинций. Однако введение алькабалы, резкое поднятие налогов и решения Трибунала, введённого герцогом Альбой, в 1572 году вывели мятеж на новый уровень.
До того как оказаться во Фландрии, Альба в течение десяти лет командовал армиями императора Карла V почти во всех самых выдающихся военных кампаниях. Отношения с новым испанским королём Филиппом II у него были довольно натянутыми. Монарх видел в Альбе человека, навязанного ему отцом. Кроме того, сам Филипп более склонялся к другой придворной группировке, которую возглавлял Руй Гомеш да Силва, ориентированной на федерализм и компромиссы с землями, входившими в состав Испанской империи.
Однако во Фландрии был выбран именно силовой сценарий подавления мятежа, и во главе армий короля стал Альба. 22 августа 1567 года его войска прибыли во Фландрию, где в результате нескольких стычек просто «раскатали» мятежников. 5 сентября 1567 года для привлечения к ответственности лиц, начавших восстание «иконоборцев» в 1566 году, был создан «Трибунал по Мятежу».
Чтобы преподать урок возможным мятежникам, казнили графа Эгмонта и графа Горна – одних из самых влиятельных фламандских дворян. Всего Трибунал приговорил к смерти от 500 до 800 человек, которые протестантской молвой были превращены в 10 тысяч, а то и в 50 тысяч. Эти мифические многотысячные казни позже послужили основой для мрачной легенды о герцоге Альбе, чёрном кастильском дворянине, питавшемся на завтрак кровью фламандских младенцев.
Тем не менее Альба осознавал, что он не политик, а военный. Поэтому начиная с 1570 года он просил короля заменить его кем-то более подходящим для управления Фландрией. Замену ему нашли в 1571 году – ею должен был стать Хуан де ла Серда, герцог Мединасели. Однако цепь непредвиденных событий отодвинула это назначение, и Альба остался у руля испанской Фландрии до 1573 года.
Поначалу всё складывалось хорошо для него. Альбе удалось договориться с английской королевой Елизаветой об изгнании с территории Англии фламандских «морских партизан» – так называемых «гёзов». Чуть ранее эти товарищи, базируясь на английские порты, начали нападать на испанские торговые суда в Па-де-Кале, что вызвало шквал прошений и к Альбе, и к Филиппу II.
И вот в начале 1572 года Англия и Испания договорились: Испания снимает эмбарго на английскую торговлю с Фландрией, взамен Елизавета обязуется выгнать из своих портов голландских повстанцев – «морских гёзов». Своё обещание королева выполнила в марте того же года.