Эта передача объединяла представителей разных классов. Многие присутствующие в студии распевали неформатные песни. Даже трогательно было, когда условный Василий Иванович пел без слуха, голоса и знания слов. Программу «В нашу гавань заходили корабли» ценили не только простые люди, но и профессиональное сообщество, которое два раза наградило передачу премией ТЭФИ.
Но программа могла прожить недолго. В 1991 году детский писатель Эдуард Успенский вышел в эфир молодого «Радио России» с программой из песен, которые пели в пионерских лагерях, в пути и во дворе. Но он не справлялся с рутиной, а руководство радио захотело закрыть программу. Успенский попросил знакомых найти ему помощника. Людмила Яковлева обратилась к редактору радио «Маяк» Элеоноре Филиной: «Не хочешь параллельно подработать? На «Радио России» программу одну закрывают, Эдуард Успенский ведёт. Помоги ему! Может поработаешь немного, и он сам закроет её». Они встретились, он отвёл Элеонору и Людмилу в одну комнату и поставил запись программы. Филина сильно удивилась тому, что услышала, но поняла, что в этом что-то есть.
Филина «причесала» программу и добавила туда немало светлых моменты. Она поняла, что по-настоящему нужно людям и как их приблизить к себе. Не зря она отучилась на психолога и педагога, а будучи воспитательницей детского сада даже разработала методику «Как правильно слушать музыку». Работа на радио «Маяк» тоже дала свои плоды, где Филиной приходилось работать строго по тексту и согласовывать каждый знак препинания. В программе «Нашу гавань заходили корабли» немало импровизировали, но перфекционизм из Элеоноры никуда не ушёл. Все 20 лет она сама монтировала программу. Успенский убедил её в том, что ради душевного эфира не нужно вырезать заминки исполнителей (если он сбился или забыл текст).
Популярность программы обусловлена разными вещами. Многие радиоточки страны были настроены только на «Радио России». К тому же, тогда расцвёл так называемого «русского шансона». Любители жанра её также слушали, как и слушатели совершенно другой музыки. И те, и другие по просьбе авторов присылали давние песни и недостающие их фрагменты. Авторам программы говорили «Спасибо» как за атмосферу, так и за тщательное архивирование песенного наследия.
Программа была популярной настолько, что Народный артист Юрий Никулин однажды спросил: «А почему вы меня не приглашаете на программу? Я много таких песен знаю». Довольно быстро пошли специальные концерты, один из которых прошёл в Театре Эстрады и снимался для телевидения в 1993 году. Телепередачу хотели делать на ОРТ осенью 1996 году, но что-то не получилось. В следующем году она недолго шла по третьему каналу, а потом два года по каналу «Столица». Успенский и Филина предложили программу каналу НТВ. Если на московских каналах передача снималась на разных концертных площадках («Политехнический» и так далее), то на НТВ программа снималась сначала в студии «Старого телевизора», а потом в 11-й студии со зрителями (откуда выходили все большие программы канала).
Весной 2001 года, после смены руководство на НТВ, программа и её создатели вместе со многими перешли на шестой канал. Кроме того, она выходить на «Радио Шансон», и первое время там также снималась телеверсия. Потом снова программа снималась в студии со зрителями, и также шла два года на шестом канале (сначала на ТВ-6, потом на канале ТВС).
После окончательного закрытия шестого канала «В нашу гавань заходили корабли» снова выходила на «Радио России». Иногда проходили концерты в честь программы, а записи с шестого канала повторяли на каналах «Мир» и «Сарафан». О передаче не могли забыть, и весной 2007 года она снова появилась на телеэкранах, на «Пятом канале». На этот раз она продержалась долго.
Несмотря на тяжёлый характер, с Эдуардом Успенский удалось сработаться Элеоноре Филиной. Вместе им нравилось работать, и они любили генерировать идеи. Филина узнала Успенского с другой стороны, а Успенский искал подход к ней. В 2003 году они поженились, и тут Филина столкнулась с тем, каким был Успенский в семейной жизни. Осенью 2011 года они развелись, и программа на «Пятом канале» закрылась. Последний выпуск вышел 31 декабря 2011 года. Радиопередача шла без Филиной до 2017 года, а в следующем году Эдуард Успенского не стало.
На радио, на НТВ и шестом канале передача иногда шла в прямом эфире, и туда можно было дозвониться. Иногда происходили недоразумения. Некоторые гости не приезжали на программу, и порой Элеонора Филина брала инициативу на себя и пела за отсутствующего гостя. Это помогло ей выступать с концертами песен из «золотого фонда программы».
На канале «Ностальгия» Филина недолго делала программу «Музыкальная гавань», а потом её пригласили на «ТВ Центр» программу «Хорошие песни», где, правда, больше преобладают эстрадные шлягеры.