История монастыря началась в 1883 году, когда на кладбище в Егорьевске на средства купца Никифора Бардыгина была построена каменная Троицкая церковь, а окрестности, заваленные мусором, из свалки обращены в красивый сад. В Троицкой церкви были устроены приделы святителя Никифора Константинопольского и преподобной Марии Египетской - небесных покровителей Бардыгиных, на средства которых строился храм. Рядом с храмом была поставлена колокольня с часами.
Мария Бардыгина была намного младше своего супруга Никифора Михайловича. Она разумно рассчитала, что намного переживет мужа и, не желая тогда вступать в другой брак, решила принять в будущем монашеский постриг. Для этого она задумала создать у кладбищенского Троицкого храма целый женский монастырь. Но все случилось иначе! Молодая жена Бардыгина внезапно скончалась от болезни, вдовцом же остался ее престарелый супруг.
Никифор Бардыгин в 1899 году все же добился разрешения открыть женскую общину, которая получила в память о покойной супруге название Мариинской. Годом позднее эта община получила статус полноценного женского монастыря. На открытии монастыря в Егорьевске 25 августа 1901 года побывал помощник обер-прокурора Синода Владимир Саблер. В своей речи в этот день он особо отметил важность монастырского неспешного богослужения без сокращений. Красота монастырской службы должна была привлечь в православную Церковь старообрядцев, которых немало жило в Егорьевске и его окрестностях. Также Саблер пожелал инокиням служить ближним, обучать грамоте и рукоделиям девочек, принимать бездомных и обездоленных:
В наш век почти всеобщей погони за деньгами, наживой и внешними удобствами жизни, отрадно видеть стремление к самоотверженному подвижническому служению Христу и Его Церкви... да будет юная егорьевская обитель светочем, ярко сияющим в стране Рязанской!
Стоит напомнить, что до революции Егорьевск относился к Рязанской губернии. В первый же год существования нового монастыря скончался его основатель Никифор Бардыгин. Он был погребен в Троицкой соборной церкви.
Игуменьей Мариинского монастыря стала сестра Никифора Бардыгина инокиня Олимпиада – в миру Ольга Михайловна Бардыгина. Прежде она жила в Брусенском монастыре г. Коломны, а управляла Мариинской обителью в Егорьевске шесть лет вплоть до своей кончины в 1907 году. После Олимпиады игуменьей стала казначея Вячеслава (в миру купеческая дочь Екатерина Овсянникова). Монашество она приняла вместе с родной сестрой Татьяной в 1901 году в этом же монастыре. Попечителем монастыря в эти годы был сын благотворителя Михаил Бардыгин, о котором еще будет сказано подробнее.
Отец Никифора Михайловича Бардыгина родился в семье крестьянина деревни Корниловской. Он переехал в Егорьевск и удачно женился на дочери владельца небольшой хлебопекарни. Помогал зятю в торговых делах и сам вскоре перешел в купцы. В 1835 году родился сын Никифор. Воспитывали мальчика в строгой православной вере.
В 1872 году купец Никифор Михайлович Бардыгин стал городским головой Егорьевска и возглавлял город почти 30 лет. В этой должности его сменил сын Михаил Бардыгин. В 1903 году на средства последнего был сооружен колокол-благовестник для колокольни Троицкой церкви Мариинского монастыря. Михаил Бардыгин был достойным продолжателем торгового дела отца. Он развивал производство на отцовских фабриках и вскоре стал одним из самых влиятельных подмосковных предпринимателей, как тогда говорили, едва ли не "хозяином" Егорьевска и Раменского. Советский историк балета Юрий Бахрушин, происходивший также из известной купеческой семьи, вспоминал:
Михаил Никифорович был невысоким, плотным мужчиной с ухватками старшего приказчика из солидной купеческой лавки. Он всячески подчеркивал свое русское происхождение, носил окладистую бороду, ходил в хорошо сшитом добротном сюртуке.
Юрий Бахрушин побывал как-то на даче Михаила Бардыгина в имении Старое недалеко от Егорьевска. Дача выглядела совершенно фантастически. Посреди сада стояла подлинная киргизская юрта. Рядом высился гигантский мухомор, под шляпкой которого скрывалась лавочка. Когда на нее садились, из краев шляпки гриба начинали течь струи воды. Самым нелепым украшением этого причудливого сада был "металлический человек": пожилой мужчина в пиджаке полностью сделанный из жести…
Михаил Бардыгин известен и тем, что открыл в Егорьевске музей, который до сих пор считается одним из лучших в Подмосковье. В 1909 году Бардыгин открыл при фабрике библиотеку, а затем и музейное отделение при ней. В 1911 это отделение стало называться "Частным собранием русской старины". Сейчас это Егорьевский историко-художественный музей.
В советские годы Свято-Троицкий Мариинский монастырь был закрыт, а на его территории разместилось летное училище. Авиационный колледж имени Чкалова занимает часть территории и теперь. С 2008 года здесь вновь возобновилась монашеская женская обитель. Две монахини Антонина (Новикова) и Надежда (Круглова), репрессированные в 1930-х годах, были прославлены в лике преподобномучениц и считаются теперь небесными покровительницами монастыря.