Комментарий из обсуждения с Павлом Гусевым на Фейсбук. С точки зрения химика все начинается со структуры. В этом смысле химик начинает с электронного уравнения Шрёдингера, в котором ядра имеют заданную конфигурацию - структура задается. После этого волновая функция интерпретируется как электронная плотность и появляется хорошая наглядная картина - где больше электронная плотность, там крепче химическая связь. Проблема в том, что электронное уравнение Шрёдингера является аппроксимацией, приближением Борна-Оппенгеймера. Поэтому разговор про субстанциональность требует перехода к исходному уравнений Шрёдингера. Тут наступает серьезная проблема - в исходном уравнении Шрёдингера нет химической структуры. То есть, разговоры химиков о химической связи упираются в обсуждение общей волновой функции молекулы и что она означает. Ответа однако нет - см. обсуждение волновой функции среди физиков - согласия в этом вопросе не наблюдается. Так и живем. Философы химии хотят это обыграть в смысле несвод