Основан, предположительно, в XIII—XIV веках на северных рубежах княжества Феодоро, возле Сюйреньской крепости.
Братия жила в небольших пещерках-кельях, вырубленных в массиве скалы. Главный пещерный храм в честь великомученика Феодора Стратилата устроен в естественной пещере. Второе название обители - Челтер-Коба. В переводе с крымско-татарского означает «решетка-пещера» или «пещерная решетка». Раньше помещения монастыря были соединены деревянными лестницами и его вид напоминал решетку.
Монастырь опустел в XV веке — во время турецкого вторжения в Крым и падения княжества Феодоро.
С начала 2000 ведутся восстановительные работы. Возобновлены богослужения в главном храме, восстановлены часть келий и звонница.
С 2015 года пещерный монастырь – объект культурного наследия федерального значения.
На сайте скита утверждается, что там насчитывается более 50 пещер, расположенных в четыре яруса. Большинство источников утверждают, что в комплекс входят 22 рукотворные пещеры, расположенные в три яруса. Может, обнаружили новые?
С октября 2025 года монастырь великомученика Феодора Стратилата стал подворьем Свято-Георгиевского Балаклавского мужского монастыря.
м. Ай-Тодор, Бельбекский каньон, Бахчисарайский район