Консерватории в Петербурге и Москве постоянно конкурировали за право называться лучшим музыкальным вузом страны. Прокофьев успешно прошёл прослушивания в обеих. Более настойчиво звали к себе учиться в Петербурге, что и определило выбор. 13-ти летний Сергей оказался дотошным студентом: в специальной тетради записывал допущенные в задачах по гармонии ошибки. Причём не только свои, но и одногруппников. Сравнивая результаты, стремился быть лучшим по успеваемости.
С началом революции 1905 года уроки часто отменяли. А от курсовых экзаменов и вовсе отказались. Прокофьев много бродил по мятежному городу. А осенью вернулся за парту с желанием писать музыку, непохожую на ту, что сочиняли мастера старой академической школы. В опере «Ундина» экспериментирует с оркестровкой, поручив целую сцену духовым инструментам. Партитуру, правда, не дописал, узнав, что сделать ученический спектакль на сцене альма-матер не получится.
Однажды знакомая показала ему клавир готовящейся к премьере в Мариинском оперы Римского-Корсакова «Сказание о невидимом граде Китеже». Изучив нотный текст, взялся за переделку собственной оперы «Пир во время чумы». В ней пренебрегал канонами письма, используя запрещённые классической гармонией приёмы. Сочинение на выпускном экзамене комиссия забраковала. Диплом во избежание скандала всё же выдали, сговорившись на четвёрке.
Чуть ранее Прокофьев познакомился с организаторами «Вечеров современной музыки». Получив приглашение выступить в одном из концертов, включает в программу свои фортепианные миниатюры. Пьеса «Наваждение» с непривычными басовыми форшлагами и резкими созвучиями вызывает восторженную реакцию зала. Игравшие наряду с Прокофьевым молодые авторы из числа воспитанников консерватории померкли на его фоне. Холодный приём получил и участвовавший в концерте его наставник по композиции Витоль. Вскоре он откажет Прокофьеву в дипломе с отличием.