Syphon Filter 2 — прямое продолжение оригинальной игры, в которой Габриэль Логан и его напарница раскрыли причастность Агентства к созданию биооружия. Теперь герои должны восстановить своё доброе имя, разоблачить и остановить злодеев. География приключений обширна: горы Колорадо, тюрьма в России, улицы Нью-Йорка. Разработчики ввели второго протагониста — Лиану, помощницу Габриэля, но не стали придумывать для неё новые способности. Возможности персонажей были расширены: их сделали более управляемыми, улучшили прицеливание, добавили прыжки через препятствия. Игровой процесс стал более сложным: ИИ врагов остался не очень сообразительным, но их меткость повысилась, а кувырок больше не гарантировал неуязвимость. Некоторые события сюжета: Лиан сбегает из медицинского корпуса и узнаёт, что Морган планирует ещё одну операцию в выставочном центре PharCom, чтобы найти диск с шифрованием. Она покидает базу на вертолёте и объединяется с Гейбом, чтобы сразиться с силами Арчера. Гейб убивает Арчера