Временной портал - это ещё один режим игры, обладающий собственным сюжетом. Он представляет две истории сражения автоботов и десептиконов с легионом хаоса. Сюжеты, да и сам формат, совершенно не изменились за год, прошедший с предыдущего теста.
Первая история называется "Huffer's Blunder", т.е. "Промах Хаффера". Вскоре после создания альянса автоботов и десептиконов Оптимус Прайм посылает Хаффера и Миража на обследование аномальных энергетических сигналов в юго-западной пустыне, разведать активность легиона хаоса, но в бой не вступать. Хаффер закономерно удивляется назначению в отряд, зато Мираж очень доволен получить задание, где ему не придётся сражаться. Уже на месте инженер начинает причитать и вспоминает, как на прошлой миссии "навыки" разведчика чуть не стоили им жизни. Мираж напоминает, что именно Хаффер вызвал тревогу, а его голограммы сработали на славу, после чего становится невидимым. Наконец, автоботы пробираются к вражеской базе, и несмотря на предупреждение Миража, Хаффер активирует ловушки. После завершения миссии Оптимус требует от подчинённых отчёта и объяснения, почему они нарушили приказ и ввязались в схватку. Выслушав рассказ автоботов, Прайм поручает Миражу дополнительное задание: проследить, чтобы на следующей миссии Хаффер в очередной раз не наступил куда не следует.
Вторая миссия называется "Spire Crisis", т.е. "Кризис со шпилями". Совместными усилиями автоботам и десептиконам удалось выдавить легион хаоса из центра города, но на его окраинах ещё остались значительные силы. Телетраан-1 не может провести более подробное сканирование из-за барьера. Мегатрон замечает, что его снаряды также не в состоянии пробить этот барьер. Хаунд обнаруживает неактивный шпиль, похожий на те, о которых отчитывалась разведка, и лидер десептиконов горит желанием уничтожить устройство как можно скорее. Отряд прорывается к дельта-шпилю и вынимает из него гармонический чип. Затем они находят неактивный шпиль, но Мегатрона уже интересуют только координаты вражеской базы. Хаунд определяет постройку как альфа-шпиль, способный генерировать энергетические барьеры и усиливать бойцов легиона. Ему удаётся засечь базу, но на пути есть ещё несколько шпилей, с которыми придётся разобраться. Саундвейв анализирует гармонический чип и заключает, что с его помощью можно нейтрализовать барьер при помощи резонанса, а заодно это увеличит их собственные силы.
Хаунд определяет, что враг саботировал работу альфа-шпиля, так что сначала его придётся починить. Шпиль перезагружается, позволяя кибертронцам достать чип. Далее им попадается гамма-шпиль, а затем они находят секретный проход. Им удаётся засечь место хранения энергии и устранить альфа-барьеры, но легион отключает последний шпиль, а затем отступает. После недолгого преследования отряду удаётся избавиться от врага и починить бета-шпиль. Наконец, все барьеры нейтрализованы и группа готова вступить в бой с основными силами легиона.
Помимо шпилей, врагов и ящиков с наградами на карте встречаются авторемонтные шлюзы (позволяет воскресить случайного погибшего бота или восстанавливает здоровье наименее повреждённого, если все живы) и восстановители энергии (восстанавливает половину здоровья всем живым ботам). После использования здание исчезает.
Теперь мы рассмотрели весь сюжет игры, осталось лишь рассказать, какие персонажи были доступны во время тестирования.