Самые ранние свидетельства существования ислама в Монголии датируются 1254 годом, когда францисканец Гильом де Рубрук посетил двор великого хана Мунке в Каракоруме. Он писал о двух мечетях, имеющихся в этом городе. Поэтому историки датируют приход ислама в Монголию периодом между 1222 и 1254 годами. Чингисхан и последующие императоры Юань запретили исламские практики, такие как халяльный убой скота, навязывая мусульманам монгольские методы забоя животных и применяя в их отношении другие ограничительные меры. Последователям ислама приходилось забивать скот тайно. Чингисхан называл мусульман и евреев «рабами» и требовал, чтобы они следовали в еде монгольским канонам, а не мусульманским. Также было запрещено обрезание. Когда в последующие века монголы завоевали обширные территории, то три из четырех ханств Монгольской империи стали мусульманскими, а империя Юань в качестве официальной религии приняла буддизм. Но большинство монголов, особенно тех, кто продолжал жить в собственно Монголии,