Начиная с 1 апреля 2026 года Рутокен 2.0 перестаёт работать с ФНС России в рамках электронного документооборота. Это связано с изменениями в алгоритмах шифрования транспортных контейнеров при информационном взаимодействии с приемными комплексами налоговых органов по телекоммуникационным каналам связи с использованием электронной подписи. ФНС будет использовать исключительно ГОСТ 34.12-2018 и ГОСТ 34.13-2018 (приказ ФНС России от 27.03.2024 № ЕД-7-26/245@).