Футбольный клуб «Зенит-2» был образован в 1993 году. С 1993 до 2000 года выступал в первенстве России дублирующий состав «Зенита». После создания турнира дублёров РФПЛ был образован фарм-клуб, дебютировавший во втором дивизионе в 2001 году под названием «Локомотив». С июня 2001 года команда называлась «Локомотив-Зенит-2». С 2002 года — «Зенит-2». С 2005 года стала выступать как самостоятельная команда. В сезоне-2008 заняла последнее место в западной зоне второго дивизиона и лишилась статуса профессионального клуба. Вместо «Зенита-2» в состав ПФЛ был принят клуб «Смена-Зенит».
В 2013 году команда вновь заявлена во второй дивизион. В сезоне 2013/14 команда Владислава Радимова заняла 10-е, в следующем — 2-е место в зоне «Запад». После чего, впервые в своей истории получила право выступить в ФНЛ с сезона 2015/16. В Первенстве Футбольной национальной лиги команда занимала места в нижней части турнирной таблицы.
Сезон-2017/18 завершила в зоне вылета — на 16-м месте, однако осталась в ФНЛ. Перед началом сезона-2018/19 произошло резкое омоложение команды, в результате команда прочно обосновалась на последнем мест и вылетела в ПФЛ.
История противостояний футбольных клубов «Зенит-2» и «Динамо» ограничивается всего одним единственным поединком. Первого октября 2023 года в Первенстве ФНЛ Второй Лиги дивизиона «Б» кировчане сыграли на домашней арене в ничью с дублем «Зенита». Счёт в матче открыл Илья Юрченко, поразивший ворота гостей на 28 минуте. А во втором тайме клубу с берегов Невы удалось отыграться, сравняв счёт усилиями Игоря Бугаенко на 62 минуте – 1:1. Больше ни в контрольных играх, ни в первенствах страны команды друг с другом не встречались. Это, пожалуй, одна из самых непродолжительных истории противостояний этих футбольных клубов.
Наши клубы связывает один человек: Стефан Калинов начинал карьеру в Академии «Зенита» и в сезоне 2023/24 провел за «Зенит-М» в МФЛ провел 14 игр, отдал 1 голевую.
«Зенит-2» на старте сезона пока не отличился победами. Команда Константина Коноплева уступила «Алании» (1:3), «Динамо Брянск» (1:2), сыграла вничью с «Кубанью» (0:0). После трех туров клуб расположился на предпоследней строчке турнирной таблицы.