Первым начальником назначили военного моряка Александра Сполатбога. В годы Великой Отечественной войны соединение неуклонно стояло на страже Ленинграда, охраняя северо-запад страны.
За свою историю база неоднократно упразднялась, переформировывалась и создавалась вновь. В советское время она подчинялась напрямую Главнокомандующему ВМФ СССР, не входя в состав Балтийского флота. Лишь в 1994 году