С конца 70-х годов XVIII в. и вплоть до запрещения Ордена в 1822 г. господствующим направлением в российском масонстве была Шведская система «строгого послушания». Она еще носила название «гагаринские ложи». Членом этого обряда мог быть человек только христианского вероисповедания. Шведская система, заявлявшая о своем происхождении от Тамплиеров, предполагала строгую иерархию братьев, разделенных на три разряда и дополнительную Десятую степень.
Первый отдел составляли Иоанновские степени: 1) Ученик, 2) Подмастерье-Компаньон, 3) Мастер. Второй отдел включал Андреевские или Шотландские степени: 4) Ученик-Подмастерье, 5) Шотландский Мастер. Рыцарские степени образовывали третий отдел: 6) Брат-Стюард или Рыцарь Востока и Иерусалима, 7) Брат-Избранник царя Соломона или Рыцарь Храма, или Запада, или Ключа 8) Ближний Св. Иоанна или Брат белой ленты, 9) Ближний Св. Андрея или Брат фиолетовой ленты, или Рыцарь пурпуровой ленты.
Десятая степень носила название Брат розового (красного) креста (Просветленный Капитул). Она подразделялась на три класса: первый состоял из членов управляющего Капитула, которые не занимали в нем должностей, второй – из великих должностных лиц капитула, третий составлял Великий Правящий Мастер-Префект Капитула. Членами Просветленного Капитула могли быть лишь потомственные аристократы, насчитывающие не менее четырех поколений своих предков-дворян. Ими были высшие чиновники и наследник престола – будущий король Швеции. Таким образом, Шведский обряд был замкнутой кастовой, патриархально-элитарной системой.
Учредителями в России Шведской системы были князья Александр Борисович Куракин (1752-1818) и Гавриил Петрович Гагарин (1745-1808). В ходе переговоров с орденскими властями Швеции - Девятой масонской провинции - было заключено соглашение о внедрении в России нового обряда и о будущем подчинении всех русских лож стокгольмскому Верховному Капитулу во главе с Карлом Зюдерманландским – будущим шведским королем Карлом XIII. В 1778 г. был создан Капитул Феникса – тайное верховное правлением и судилище для русских каменщиков шведского толка. В 1779 г. в Петербурге была учреждена Великая Национальная Провинциальная Ложа шведского обряда. Масоны высших степеней посвящения образовали Директорию или Совет Великой Национальной Ложи во главе с председателем.
В июле 1782 г. общеевропейский Вильгельмсбадский конвент масонов признал Российскую империю Восьмой провинцией Ордена. Это решение означало провозглашение самостоятельности Великой Ложи России и ее независимости от Швеции.
Екатерина Великая негативно отнеслась к масонству и к просветительской деятельности, вызвавших, по ее мнению, кровавую революцию во Франции. В 1792 г. многие из братьев, в том числе Новиков, были арестованы и заключен в Шлиссельбургскую крепость-тюрьму. Другие высланы в свои имения. В 1794 г. вышел указ, запрещавший все тайные общества. С восшествием на престол Павла I, посвященного в вольные каменщики, масоны, находившиеся в опале, были прощены. В 1799 г. Павел вновь запретил деятельность лож. Позднее новый царь Александр I, также масон, в 1801 г. подтвердил данный указ. Но реально антимасонские законы не соблюдались, организации каменщиков продолжали действовать. Правительство не препятствовало учреждению новых лож, но стремилось только взять их под полицейский контроль. В ложи активно включались более широкие слои российского общества, средний класс, а не только родовитое дворянство.
В 1802 г. предпринимались попытки внедрения в России Французского ритуала. Французская система наставления предполагала помимо трех базовых Иоанновых степеней «надстройку» из четырех градусов: Избранного, Шотландского Мастера, Рыцаря Востока и Рыцаря Розы и Креста (Розенкрейцера). Эта форма масонского обряда до сих пор используется Великим Востоком Франции. Власти настороженно отнеслись к ней, опасаясь появления духа вольномыслия и вольнодумства (известно, что впоследствии Великий Восток отменил обязательную веру в Бога). По требованию полиции в 1812 г. ложи Французского ритуала были объединены со Шведской системой.
В самой Шведской системе произошла реорганизация. Капитул Феникса, известный также под наименованием Великой Национальной Ложи, в 1810 г. получил название Великой Директориальной Ложи Владимира к Порядку. Ею руководил Верховный Орденский Совет во главе с И.В. Бебером, носившим звание «Викария Соломона, Мудрого из Мудрых». Ведущими ложами Шведского обряда являлись: «Пеликан» («Александра Благотворительности к Коронованному Пеликану»), «Елизаветы к Добродетели» и «Петра к Истине». В 1816 г. Великая Директориальная Ложа сменила название на «Великую Провинциальную Ложу». В ней значительно усилилось, особенно на высшие степени, влияние розенкрейцеров-мартинистов. Общую численность российских масонов можно оценить в это время примерно в две тысячи человек (исключая самостоятельное польское масонство).
После Отечественной войны 1812 г. среди масонских братьев возникло движение за демократизацию и либерализацию Ордена. Главным было требование отмены высших степеней, в которые могли быть согласно патриархальным шведским конституциям и уставам посвящены только аристократы. В итоге в Шведской системе произошел раскол. В 1815 г. Е.Е. Эллизен создал союз лож, поддерживающих три степени, и учредил для него Великую Управляющую Ложу «Астрея» (в честь богини вечной молодости, любви и красоты, олицетворяющей золотой век человечества, о котором мечтали масоны). Таким образом, сформировались два центра российского масонства: Астрея и шведская Великая Ложа. При этом наблюдался стремительный рост числа сторонников Астреи: к ней примкнули 25 лож.
Между двумя российскими масонскими союзами велись долгие переговоры об объединении, которое состоялось весной 1822 г. Но 1 августа 1822 г. был издан высочайший указ императора Александра I о закрытии всех лож России. Причиной это было участие некоторых братьев в политическом заговоре. Дело в том, что многие из будущих декабристов были членами различных масонских лож. Организационная структура ранних декабристских организаций «Священная артель», «Союз спасения» и «Орден русских рыцарей» воспроизводила структуру масонских институтов. После законодательного запрета на франкмасонство, подтвержденного Николаем I, сведения о братьях отсутствуют в течение более чем семидесяти лет. Надо сказать, что даже в этот неблагоприятный для Ордена период часть русской интеллигенции по-прежнему увлекалась богоискательством, мартинизмом, каббалой, оккультизмом, мистическими народными сектами (этой теме посвящена монография Александра Эткинда «Хлыст. Секты, литература и революция», изданная в 1998 г.).