Для начала, стоит признать, что это слово — «иностранец». Оно притопало к нам из латыни через немецкий язык. И вот тут-то зарыта собака! Когда мы имеем дело с заимствованиями, морфемный разбор иногда превращается в настоящую головоломку. Ох, уж эти корни-путешественники! Первым делом, чтобы понять, как разобрать по составу слово "циркуль", нужно найти окончание. Изменяем слово: циркуля, циркулем, о циркуле. Видите? Буковка «я» или «ем» в конце меняется, а в именительном падеже там — пустота. Значит, перед нами нулевое окончание. Это база, как говорится. Далее ищем корень. И вот тут самое интересное. В современном русском языке всё слово целиком — циркуль — и является корнем. Почему так? Да потому что мы уже не чувствуем в нём связи с латинским circulus (круг) так остро, чтобы выделять суффиксы. Всё слово превратилось в один монолитный смысловой блок. Честно говоря, иногда так и подмывает выделить суффикс -куль-, по аналогии с какими-нибудь другими словами. Но стоп! В русском языке нет