Формирование ССО началось в 2009 году на основе 322-го Центра подготовки специалистов «Сенеж», преобразованного позже в ЦСН «Сенеж». Позже в структуре Сил были сформированы ЦСН «Кубинка-2» и после операции в Крыму – 561-й аварийно-спасательный центр. Впервые широкая публика увидела применение ССО в ходе операции по возвращению Крыма в 2014 году, где специалисты выполняли задачи по блокированию административных и военных объектов. Вскоре специалисты Сил выполняли боевые задачи «горячим летом» 2014 года уже на Юго-Востоке Украины. В 2015 году, ещё до взлёта первого самолёта ВКС в направлении Сирии, специалисты Сил уже готовили почву для развёртывания ОГВ. Специалисты ССО выполняли и продолжают выполнение задач в странах Африки, Латинской Америки и на других направлениях. С первых минут специальной военной операции специалисты ССО выполняют задачи на многочисленных направлениях – начиная от так и не свершившихся планов по захвату правительственных зданий в Киеве до запуска «Гераней»