Северная война шла полным ходом. В качестве награды за заслуги в военных действиях Петр I распорядился передать Изюмскому слободскому украинскому полку свободные земли донских казаков во владение. Это конечно сильно обидело казаков, пусть это и свободные земли, но это их территория. Мало того Пётр ввёл государственную монополию на продажу соли. Поскольку право добывать и продавать соль являлось основным материальным преимуществом донского казачества, это решение подрывало основы материального благополучия казаков. Недовольство донских казаков вылилось в то, что в октябре 1705 года отряд казаков во главе с Кондратием Булавиным, бахмутским атаманом, совершил набег на соляные промыслы, разгромил их и сжёг. Такие действия получили абсолютную поддержку среди казаков. Таким образом первый этап восстания окончился полным успехом. Возведенные строения на берегах реки Бахмут были снесены, добыча соли и абсолютное право на ее продажу вновь принадлежали донским казакам. При этом, согласно указу атамана, более никто не имел права «допускаться к промыслам».
Для описания ущерба, нанесённого казаками казённым зданиям и сооружениям, и недопущения новых столкновений казаков с изюмцами, поселившимися на этих землях, указом царя на Бахмут был направлен дьяк Алексей Горчаков, наделённый всей полнотой власти вплоть до вынесения распоряжений правительством. Однако он был арестован казаками. Через неделю дьяк был отпущен, но промыслы остались во владении казаков.
За время войны против шведов не раз были повышены налоги и поборы с крестьян, увеличено количество повинностей. Кроме воинской обязанности проводилась и мобилизация населения для строительства крепостей и городов, были введены и усилены подворная и постойная повинности. Понимая невозможность выплаты налогов, спасаясь от разорения и репрессий крестьяне бежали во владения донского казачества. Нехватка рабочей силы отрицательно сказывалась на деятельности уже работающих важных производственных и оборонительных объектов и строительстве новых. Но, что беспокоило Петра I в наибольшей степени, так это нехватка рабочей силы на верфях на которых возводился Азовский военный флот.
Бежали крестьяне на Дон и на Сечь к казакам. Ранее, тем которым удавалось счастливо добраться до этих мест уже не подлежали возвращению на прежние места жительства и своим хозяевам. Объяснялось это довольно просто: беглые крестьяне принимались в состав казаков и вместе с ними несли службу по охране границ, а так же привлекались для ведения военных действий. Однако, из-за острой нехватки рабочей силы Пётр I посмел нарушить это неписанное правило. Для возврата беглых крестьян в 1707 году на Дон был направлен отряд во главе с Юрием Долгоруковым. Отряд Долгорукого отличался жесткими мерами по отношению к крестьянам, в том числе беглым. Зная об этом казачьи атаманы встретили его враждебно. Не желая вступать в открытый конфликт с казаками Ю.Долгорукий ограничил свою деятельность по поиску и поимке беглых крестьян только рейдом по Верхнему Дону. В таких поселениях, как Бузулук, Медведица и Хопер было поймано около 2 000 беглецов, остальные прятались по оврагам и полям.
Постоянное покушение правительства на права и вольности казаков привело к тому, что отряд Булавина, насчитывавший около 150 человек, внезапно напал на отряд Ю.Долгорукого, находившийся в Шульгинском городке. Этот успешный набег послужил примером для других небольших отрядов, состоящих из беглецов и казаков. Такие отряды стали совершать нападения на солдат, однако Поддержки со стороны старшин сопротивление не имело. Многие опасались карательных действий со стороны Москвы. Поэтому приверженцы царя во главе с атаманом Лукьяном Максимовым и азовским наместником Толстым выступили против армии Булавина.
Естественно, что небольшие и неорганизованные отряды не могли противостоять регулярной армии и казачьему войску. В результате столкновения на реке Айдар недалеко от города Задольного и проведенных переговоров, которые не привели к конечному результату, повстанцы разбежались. Кондратию Булавину пришлось бежать в Запорожскую Сечь, откуда он рассылал письма, призывающие к восстанию. За время пребывания атамана в Кодаке, его идеи набирали все большую популярность. Абсолютную поддержку идеям Булавина высказывают Верхнеломовской и Нижнеломовской уезды, Левобережная и Слободская Украина. Всё большее число казаков присоединяются к восставшим.
За время петровских реформ вспыхивало немало крестьянских войн и волнений. Однако восстание под предводительством Кондратия Булавина относят к наиболее крупным, массовым и стихийным.
9 апреля 1708 года армия повстанцев вступила в сражение с приверженцами царя во главе с Л. Максимовым на реке Лисковатке и одержала абсолютную победу. Под началом Булавина на тот момент находилось около 20 тысяч повстанцев.
Захватывая города Воронежского повстанцы собирали добровольцев, уничтожали документы, так же как и всегда при народных бунтах под раздачу попадали представители власти и состоятельные люди.
На борьбу с повстанцами Петр I послал войска под руководством С. Бахметева. 27 апреля 1708 года войска под его командованием разгромили небольшой отряд повстанцев на реке Битюг. Несколькими днями ранее, 12 апреля 1708 года, из армии был отозван брат погибшего от рук повстанцев Юрия Долгорукова, Василий. В.Долгорукий возглавил войска, направленные на подавление восстания. Под его командованием было 32 тысячи военных.
Между тем восстание ширилось и разрасталось. 1 мая повстанцам без боя сдался Черкасск. Здесь Контдратий Булавин был избран атаманом Войска Донского. В Черкасске происходит окончательное подавление промосковских идей среди казаков. Но, поскольку единогласное решение вопроса о дальнейшем развития событий на казачьих кругах принято не было, на этом этапе Булавин разделил свою армию на три части в соответствии с различными направлениями:
1. Отряды, общим количеством до 3,5 тысяч человек, двинулись в Волжском направлении, где в течение месяца были захвачены Дмитриевск и Царицын.
2. Многочисленные отряды, которые возглавили С. Драный, Н. Голый и С.Беспалый направились по направлению к Северскому Донцу и Слободской Украине. Именно на этом направлении произошло столкновение с армией В. Долгорукого, численность которой превосходила казачьи отряды в несколько раз, но, не смотря на потери, количество повстанцев к августу превысила 3 тысячи человек за счет добровольцев.
3. Азовское направление возглавил сам Булавин, его отряд насчитывал 2 тысячи казаков. 6 июля была предпринята попытка штурма хорошо укреплённого Азова, которая окончилась неудачей, а 7 июля, в результате заговора, Кондратий Булавин был убит (по другим данным, смерть наступила в результате самоубийства).
Смерть Кондратия Булавина внесла раскол в ряды повстанцев, их движение потеряло четкую организацию и разделилось на несогласованные действия отдельных отрядов. Кроме того, известно, что после разгрома под Азовом, казачье войско потеряло численное превосходство. Был арестован и казнён казачий старшина Хохлач, после чего предполагаемый поход на Москву уже не имел смысла. Поэтому старшинам-заговорщикам, тяготеющим к Москве, было не сложно организовать покушение на Булавина.
Уже 27 июля армия возглавляемая В. Долгоруким, захватила Черкасск. Донское казачество снова присягнуло на верность Петру I, а организаторы восстания были казнены.
Но и после гибели Кондратия Афанасьевича казацкое восстание не утихло. Отдельные отряды под предводительством Н. Голого, И. Некрасова и И. Павлова продолжали самоотверженно отстаивать свои права. При этом отряд Павлова основался в Царицыне, а некрасовцы двинулись на Дон.
В начале августа 1708 года царскими войсками был взят Царицын, после чего остатки групп Павлова и Некрасова ушли на Кубань, к крымским ханам, откуда перешли в Османскую империю, где до настоящего времени они проживают сохраняя свои обычаи, и даже носят историческую национальную одежду.
К ноябрю 1708 года восстание Булавина было полностью подавлено. Все пойманные беглые крестьяне были возвращены владельцам, местечки, где они проживали, были разрушены. Донские земли окончательно потеряли независимость, в период восстания погибло около трети населения.
Восстание Кондратия Булавина было обречено на поражение в силу невозможности противостоять регулярным войскам, направленным на его подавление с подавляющем численном превосходстве. Основу регулярной армии составляли крестьянские рекруты, а руководство – русские офицеры уже получившие боевой опыт в современной войне и офицеры-иностранцы. Однако противостояние между казаками и Российским царством, претендовавшим на донские земли, длилось долгое время. Именно поэтому крестьянско-казаческие волнения долго продолжались на всей данной территории.