В начале XVIII века Россия вела Северную войну, стремясь утвердиться на Балтике. Пётр I, охваченный идеей создания сильного флота, обратил внимание на остров Котлин. Это стратегически важное место у входа в Финский залив стало основой для строительства крепости и города-порта Кронштадта, который стал морской твердыней Российской империи. Вместе с созданием фортов и доков возникла необходимость в духовной поддержке моряков. По воле царя на Котлине была возведена церковь с семиярусной колокольней, где экипажи могли молиться перед отплытием и благодарить за спасение в штормах.
Хотя Пётр I не успел реализовать свой замысел (он ушёл из жизни в 1725 году), его идея была продолжена его последователями. В 1731 году на восточной стороне острова, у Средней гавани, была построена первая церковь для моряков. Выбор места был неслучайным: здесь, под сенью двух древних дубов, Пётр любил отдыхать, наблюдая за кораблями.
Этот храм мог вместить до 1 300 человек. Его венчала семиярусная колокольня, гул которой разносился далеко над водой. Для моряков это место было не просто местом богослужений: здесь служили молебны перед отплытием, поминали погибших товарищей и хранили реликвии, привезённые с дальних морей. Священники, понимая трудности корабельной жизни, обращались к морякам с напутствиями, которые звучали как слова перед боем или штормом.
К середине XIX века Кронштадт значительно вырос. Число моряков, базировавшихся в гавани, значительно увеличилось. Деревянная церковь, которая служила верой и правдой почти сто лет, пришла в упадок: её стены покрылись трещинами, кровля протекала, а фундамент начал оседать. Стало очевидно, что храм не сможет выдержать увеличившуюся нагрузку и долго не продержится.
В 1841 году церковь была полностью разобрана. На время богослужения были перенесены в арендованный дом на углу Осокиной площади и Малой Екатерининской улицы, где была устроена Богоявленская церковь. Однако это было лишь временное решение. Моряки и офицеры всё чаще обсуждали необходимость строительства нового, каменного собора, который стал бы достойным памятником их службе и жертвам.