К 1860-м годам Новороссия уже не являлась пограничной окраиной. Это был сформировавшийся экономический и военно-административный пояс юга Российской империи. Николаев, Одесса, Херсон и Екатеринослав образовывали связанную систему портов, судостроения, торговли и управления. Николаев в этой системе занимал особое место. Здесь концентрировалось кораблестроение и размещались ключевые структуры Черноморского флота. Город сочетал функции промышленного центра и морской администрации. Именно поэтому решения, касавшиеся флота, логично закреплялись здесь, а не в столичных учреждениях. 20 февраля 1868 года высочайшим указом императора Александра II в Николаеве было утверждено Главное присутствие военно-морского суда. Это решение усилило институциональную роль города в структуре Новороссии. Главное присутствие военно-морского суда разместили в здании конторы капитана порта. Локация была символичной. Суд оказался встроен в портовую и флотскую инфраструктуру. Компетенция учреждения охватывала дела