Туземное княжество Кота (Котах) было основано в начале 17в., когда Рао Ратан Сингх, раджа из княжества Бунди, передал часть своих земель в качестве джагира своему младшему сыну Рао Мадхо Сингху. Точная дата неизвестна, но это было между 1625 и 1631 гг.
Последующие наследники Мадхо были бесстрашными войнами, не пропуская ни один из локальных конфликтов, часто погибая на поле боя.
С 1707 по 1713 гг. Кота было временно воссоединено с Бунди.
Правитель княжества Рао Бхим Сингх (1707-1720) сражался на стороне императора против Асафа Джаха I в Декане, за что получил титул «Махарао» (Махараджа) от императора Великих Моголов. Также расширились и владения княжества.
Преемником Бхим Сингха стал его сын Арджун Сингх, умерший бездетным в 1724г., после чего трон перешёл к брату Бхима - Дурджан Салу. При нём княжество выдержало нападение правителя Джайпура в 1744г. За ним последовали Аджит Сингх (1756-1759) и Чхатарсал I (1759-1766). Во время правления последнего в 1761г. Кота вновь подверглось нападению Джайпура, превосходящие войска которого были полностью разгромлены при Бхатваре.
При последующих правителях, несмотря на нарастающую анархию в Раджпутане, княжество процветало. В период с 1805 по 1817 гг. были проведены реформы на европейский манер в армии.
В 1817г. Кота перешло под британский протекторат, обязуясь предоставлять свои войска по требованию.
Увы, последующие правители привели государство в упадок из-за многолетней некомпетентности. Кота пережило несколько мятежей, которые приходилось гасить британской армией, из части территории было образовано самостоятельное княжество Джалавар, а внешний долг продолжал увеличиваться. В итоге Кота обратилось за помощью к британской администрации, и в 1874г. был назначен внешний управляющий княжеством. В этот период были проведены многочисленные реформы и 1885г. наконец был погашен внешний долг.
В 1892г. британское правительство вернуло княжеству почти все территории Джалавара. В 1899-1900гг. в Кота была построена железная дорога, а также в этот же период княжество лишилось своей собственной валюты.
7 апреля 1949г. Кота вместе с остальным Раджастханом присоединилось к Индийскому Союзу.