Теодор Эшерих родился в Баварии, он был младшим сыном окружного врача Фердинанда Эшериха (1810–1888), медицинского статистика, и его второй жены, Марии Софии Фредерики фон Штромер, дочери баварского армейского полковника. Когда Теодору Эшериху было пять лет, умерла его мать. В 12 лет Теодор был отправлен в школу-интернат, курируемую иезуитами.
Эшерих в зимнем семестре 1876 г. поступил на медицинский факультет Вюрцбургского университета. Позже он учился в университетах Киля и Берлина, а затем вернулся в Вюрцбург, где в декабре 1881 г. с отличием сдал медицинский экзамен. В 1882 г. Эшерих стал ассистентом терапевта Карла Якоба Адольфа Кристиана Герхардта.
В 1886 г. Эшерих опубликовал монографию о связи кишечных бактерий с физиологией пищеварения у младенцев. В лаборатории Роберта Коха в Берлине, Эшерих выделил девятнадцать различных видов бактерий из кишечника, включая Campylobacter jejuni. Одной из первых найденных бактерий была тонкая палочковидная бактерия, которую он назвал Bacterium coli commune. В 1919 г. ее переименовали в честь первооткрывателя в Escherichia coli.
В 1890 г. Эшерих сменил Рудольфа фон Якша, приглашенного в Прагу, на посту экстраординарного профессора педиатрии и директора детской клиники Святой Анны в Граце, где четыре года спустя стал ординарным профессором. Работая в Граце, он женился на Маргарете Пфаундлер (1890–1946), дочери физика Леопольда Пфаундлера. У них родился сын Леопольд (1893 г.р.), умерший в возрасте десяти лет от апендицита, и дочь Шарлотта (по прозвищу «Сонни») (1895 г.р.), дожившая до 1980-х гг. Эшерих сделал детскую больницу в Граце одним из самых известных учреждений в Европе.
В 1894 г. Московское общество детских врачей избрало Эшериха своим почётным членом. Он посетил Россию, побывал в Николаевской детской больнице в Санкт-Петербурге.
В 1902 г. Эшерих сменил Германа Видерхофера на посту профессора педиатрии в Вене, где тот руководил детской больницей Святой Анны.
Эшерих получил известность в 1903 г., когда основал «Общество защиты младенцев» (Säuglingsschutz) и начал масштабную кампанию в поддержку грудного вскармливания.
В 2007 г. в журнале Nature вышла редакционная статья памяти Эшериха https://www.nature.com/articles/nrmicro1810. Есть также множество иных публикаций, но эта, как мне кажется, отражает факт, что работы Эшериха актуальны и по сегодняшний день.