Главный герой — Джеймс Сандерленд, который получает письмо от своей супруги Мэри, умершей за некоторое время до начала основных событий игры. В письме Мэри просит его приехать в курортный городок Сайлент Хилл. Действие происходит в вымышленной вселенной, в которой повседневная действительность пересекается с пугающим альтернативным миром, отражающим внутреннее состояние героя. Сайлент Хилл словно притягивает людей, страдающих душевными муками, и вытаскивает наружу все страхи и грехи, облачая их в материальные формы. В результате каждый видит свой персональный кошмар, а реальность начинает «плыть».Некоторые особенности сюжета: У Сандерленда постепенно проявляются галлюцинации, вокруг появляются монстры, улицы и здания принимают искажённый вид.
Герой встречает в городе и других людей: суицидницу Анджелу Ороско, дурную девочку Лору, толстяка в детской одежде Эдди Домбровски и Марию — девушку, очень похожую на умершую Мэри.
Финал игры оставляет открытым для интерпретаций: можно верить, чт