Начиная с похода Ермака Тимофеевича на Сибирское ханство 1582-1585 годов Тобольск, ныне скромный город в Тюменской области, был столицей Русской Сибири, резиденцией воеводы, правившего огромной территорией, простиравшейся от Урала до Камчатки и, естественно, ему требовались мощные укрепления, которые подтверждали бы его статус и они в виде полноценного каменного кремля сохранились до сих пор.
Взяв 26 октября 1582 года столицу Сибирского ханства Искер, казаки Ермака Тимофеевича не стали в нём задерживаться, а устремились дальше в погоню за Кучумом в Ишимские степи, но в 17 километрах выше Искера они встретили плавучий лёд и были вынуждены встать тут на зимовку, построив острог из разобранных стругов, который и дал начало городу Тобольску. Со временем казаки обжились в Тобольском остроге, в нём же они выдержали осаду зимой 1584/85 годов, когда из-за голода чуть не погибло всё войско Ермака, но удачной атакой на татарский стан казаки смогли прорвать блокаду и устремились в погоню за татарами, во время которой погиб Ермак Тимофеевич. Оставшись без предводителя и понеся большие потери, казаки были вынуждены оставить Тобольск и отступить к Уралу, сам же Тобольск на два года попал в руки татар, которые в 1587 году оставили его без боя, когда к нему подошло многократно превосходящее их по численности войско воеводы Данилы Чулкова, что символизировало окончательное покорение русскими Сибири.
После разгрома Сибирского ханства Тобольский острог начал расти, в том же 1587 году в нём была построена первая Троицкая церковь, в 1590 году он стал резиденцией главного правителя Сибири тобольского воеводы, а в 1592 году в Тобольском остроге появились первые ссыльные, жители Углича, участники восстания, разгоревшегося после гибели царевича Дмитрия Иоанновича и содержание заключённых, наряду с функциями административного центра, стали основными задачами, выполняемыми Тобольским острогом. К концу XVII века прежний деревянный острог, несмотря на неоднократные перестройки, перестал соответствовать статусу Тобольска как столицы Сибири и в 1683 году его начали отстраивать заново уже в камне. Строительство каменного Тобольского кремля шло быстро, благо, рядом была дармовая рабочая сила в лице каторжников, для содержания которых был построен Тобольский тюремный замок. Каменное строительство в Тобольске многократно ускорилось с 1708 года, когда сибирским генерал-губернатором был назначен князь Матвей Гагарин, который не жалел средств, чтобы отстроить свою резиденцию в наилучшем виде, при этом всеми работами по строительству Тобольского кремля руководили митрополит Сибирский Павел и архитектор Семён Ремезов. Строительство Тобольского кремля шло с большим размахом несмотря на введённый в 1714 году Петром I запрет на каменное строительство по всей России, кроме Санкт-Петербурга, Матвей Гагарин ещё 4 года обходил его, пока его в 1718 году не вызвали в Санкт-Петербург, где и повесили за казнокрадство в особо крупном масштабе и попытку отделения Сибири от России (по официальной версии), а Тобольский кремль в результате так и остался недостроенным.
Несмотря на незавершённость работ по строительству Тобольского кремля он выглядит внушительно, общая длина его стен достигает 620 метров, сами стены имеют высоту 4,5 метра и 7 башен, которые по проекту должны были быть вооружены артиллерией, кроме того, внутри кремля были расположены каменные укрепления Тобольского тюремного замка и Гостинного двора, одного из главных центров российской торговли. После Петра I укрепления в Тобольске не строили, больше уделяя внимание административным и церковным зданиям, в 1782 году часть Тобольского кремля была снесена для строительства дворца губернатора и архиерейского дома, а в 1832 года из Тобольского кремля от греха подальше был удалён Тобольский тюремный замок, для которого было построено новое здание. В начале ХХ века в Тобольском кремле был открыт музей, неоднократно отмечавшийся как лучший музей России, а в 1970-х годах в Тобольском кремле была проведена масштабная реставрация, в ходе которой была восстановлена часть его ранее утраченных фрагментов, что подтверждает его статус как объекта культурного наследия народов РФ федерального значения, присвоенный ему ещё в 1939 году.