Сами представители правящей династии использовали самоназвание «Пратихара», но в письменных источниках соседей они упоминаются термином «Гурджара», значение которого не ясно.
Пратихары внезапно возникли как политическая сила в Северной Индии около 6 в. н.э., вскоре после вторжения алхонских гуннов в этот регион. Политическую самостоятельность династия получила при Нагабхате I (739-760). Как полагают, изначально он был вассалом династии Чавда и получил известность после падения Чавдов в ходе арабского вторжения в Раджастхан, вошедшее в историю как «Битва за Раджастан». Итогом битвы стало выдворение Пратихарами арабов с территорий к востоку от Инда.
Воспользовавшись вакуумом власти после арабского вторжения, Пратихары быстро завоевали Малву вплоть до Гвалиора и порта Бхаруч в Гуджарате.
При Ватсрадже (775-805) династия подчинила себе уже почти весь Раджастан и двинулась дальше на Империю Пала. Разгромив её войска, Пратихары подчинили себе большую часть Северной Индии, от пустыни Тар до границ Бенгалии. Приемник Ватсраджы, Нагабхата II сделал Пратихаров самой могущественной династией в Северной Индии.
При Михире Бходже и его преемнике Махендрапале I Пратихары достигли пика своего могущества. Их территория соперничала с территорией империи Гупта, простиравшейся от границы Синда на западе до Бенгалии на востоке и от Гималаев на севере до районов за рекой Нармада на юге.
Впрочем, вскоре могущество династии ослабло из-за династических распрей. Сильный удар государство получило около 916г. при набеге правителя Раштракутов Индры III, который разграбил тогдашнюю столицу Пратихаров Каннаудж.
В последствии династия так и не восстановила своё былое влияние. Прежние вассалы становились всё сильнее и один за другим отказываясь от своей верности. В итоге к концу 10 в. у Пратихаров под контролем осталась лишь Индо-Гангская равнина.
Последний самостоятельный правитель Пратихаров, Раджьяпала, был изгнан из Каннауджа Махмудом Газни в 1018г. После нашествия Газневидов династия разделилась на несколько враждующих между собой ветвей, правящих небольшими государствами. Одна из них правила Мандором до 14 в.