Несмотря на все потрясения эпохи Ивана Грозного, в конце XVII века русские плотно закрепились на Средней Волге и тут же встала проблема защиты населения новых земель как от крымско-ногайских набегов, так и от своих речных пиратов, для чего была построена цепь крепостей, в числе которых была и Самара, основанная в 1586 году как преграда на пути ногайских орд.
Так уж получилось, что Самарский кремль был построен ранее указа об основании самой Самары, который вышел уже постфактум с указанием ссылать туда "в службу" провинившихся бояр. Опасность удара как со стороны степи, так и со стороны Волги, заставила сосланных сюда служилых строить крепость у слияния рек Волги и Самары, на месте Самарского завода клапанов, очень быстро, стройка заняла всего 89 дней (22 мая - 19 августа 1586 года) и была сделана очень качественно, периметр двойных бревенчатых стен Самарского кремля, заполненных изнутри землёй и камнями и достигавших толщины в 5 метров и высоты - в 6, достигал 635 метров, в нём насчитывалась 8 башен (из них 4 - проезжие), которые, хоть и выглядели аляповато, но были прекрасно приспособлены к изменившейся тактике боя, обзаведясь тремя ярусами с размещённой на них артиллерией, а также балконами-обламами, с которых можно было вести огонь по противнику, прорвавшемуся к стенам крепости. Превосходные оборонительные качества Самарского кремля были проверены в том же году 30-тысячной крымско-татарской ордой, разорившей южнорусские земли, но к Самаре не сумевшей подойти, правда, эта оборона показала, что кремлёвских укреплений для Самары будет мало и к зиме вокруг кремля был дополнительно возведён острог о восьми башнях и длиной стены в 1542 метра.
XVII век стал для Самары горячей порой, в Смутное время бунтовщики и интервенты всеми силами стремились захватить богатое Поволжье, свой кусок русского пирога хотели ухватить крымские татары и ногайцы и у всех их Самара была как кость в горле, стойко отражая их многочисленные атаки и дополнительно укрепляясь, согласно записям голштинского посла Адама Олеария, к 1636 году укрепления Самары состояли из пяти линий: кремля, двух острогов и двух линий надолбов, за защитой которых Самара могла спокойно расти и развиваться. За всю свою историю Самарский кремль ни разу не был взят врагом, его врагами оказались время и человеческая небрежность, вылившаяся в разрушительные пожары 1690 и 1703 годов, уничтожившие его деревянные укрепления, а так как военная опасность для Самары никуда не делась, в 1704-1706 годах здесь была возведена земляная крепость, к которой перешли все функции Самарского кремля.