Священномученик Сергей родился в семье священника Петра Михайловича Лебедева в Подольском уезде Московской губернии в 1895 г.
Сергей окончил духовное училище в Донском монастыре, в 1916 г. поступил на историко-филологический факультет Московского университета, в 1917 г. был мобилизован, после демобилизации восстановился в университете, в 1920 г. был рукоположен во священника и в 1921 г. был вынужден уйти из университета. Местом служения отца Сергия стала Воздвиженская церковь в Алтуфьеве под Москвой.
В 1929 г. имущество о. Сергия было отобрано как «кулацкое», но затем возвращено. В 1937 г. в связи с приказом НКВД «Об операциях по репрессированию бывших кулаков» оперуполномоченный Мытищинского отделения НКВД начал оформлять документы на арест пастыря. В декабре 1937 г. и в начале января 1938 г. на допрос были вызваны «свидетели». Протоколы с показаниями в НКВД были составлены заранее, от «свидетелей» требовались только подписи.
19 января 1938 г. священномученик Сергий Лебедев был арестован и заключен в Таганскую тюрьму в Москве. На следующий день следователь вызвал его на допрос, затем допросы беспрерывно продолжались в течение 2 дней. На последний вопрос следователя о контрреволюционной деятельности священник ответил: «Никакой контрреволюционной деятельности никогда и нигде не вел».
«Следствие» закончилось 26 января 1938 г. Особая тройка УНКВД по Московской области приговорила священника Сергия к расстрелу. Пастырь был расстрелян и погребен в безвестной общей могиле на полигоне Бутово.
По архим. Дамаскину (Орловскому)