В средние века и начале Нового времени Турция (она же Османская Империя) была великой морской державой. Её корабли господствовали в Средиземном, Чёрном и Азовском морях. Не возможно сравнить мощь турецкого флота с мощью флотов Испании или Англии того времени, в боевые столкновения они не вступали, но флот Турции был действительно силён. Многочисленные боевые многопушечные корабли, разнообразные торговые суда, выполняющие роль транспортов и десантных кораблей, чего только стоит крымский десант 1475 года.
Конечно, казаки на своих чайках тревожили турок, но добиться решающего преимущества против турецкого флота они не могли. Для борьбы с Турцией на море и на суше нужен был настоящий морской военный флот, и это понял Пётр I во время подготовки к военным действиям против Османской империи.
В это время в Европе начинается подготовка к войне за испанское наследство. Союз Русского царства с Австрией и Венецией, заключённый против Османской империи, распадался. В таких условиях Русское государство в качестве стратегического направления выбрало борьбу со Швецией. Поэтому усиление Азовского флота многопушечными кораблями было направлено на недопущение военного конфликта с Османской империей и предотвращение войны на два фронта. По указу Петра I в городе было создано Воронежское адмиралтейство, к которому были приписаны города на реках Воронеж и Дон. 20 октября 1696 года Боярская Дума постановила начать строительство первого в истории России регулярного военно-морского флота. В 1699 году учреждён и изготовлен во флажной мастерской Воронежского адмиралтейства Андреевский флаг, а затем первые штандарты и корабельные флаги России.
C 1696 года по 1711 год было построено около 215 кораблей, в том числе корабль «Гото Предестинация» – первый российский линейный корабль и первый корабль IV ранга по европейской классификации начала XVII века, созданный в России без участия иностранных специалистов. Благодаря Азовскому флоту удалось завоевать крепость Азов, а впоследствии подписать мирный договор с Османской империей для начала войны со Швецией.
При подготовке второго азовского похода зимой 1695 года в Воронеже и Воронежском уезде осуществлялась подготовка 522 стругов, 42 мореходных лодок, 134 плота. Впервые в истории города такое большое количество не нагруженных кораблей ушло вниз по течению реки Воронеж.
Первый Азовский поход не принёс больших побед России. Крепость Азов завоевать не получилось. Неудачи были связаны с отсутствием военного флота. Поэтому Петр I принял решение начать его строительство. Местом для этого был выбран город Воронеж из-за своего стратегического положения. Во-первых, город находился на реке Воронеж, которая впадала в Дон. Во-вторых, рядом с городом были леса, которые могли быть использованы как строительный материал. В-третьих, жители Воронежа имели опыт строительства речных судов и управления ими.
Строительство кораблей на Воронежской верфи началось в 1695 году с прибытием в Воронеж Петра. Из-за нехватки денег было принято решение строить флот с помощью кумпанств, между которыми были разделены лесные участки с указанием бережного отношения к лесу. Самовольные вырубки дуба и осины были запрещены под страхом смертной казни. Следить за выполнением этих поручений Петр I велел Антону Лаврентьевичу Веневитинову. Для улучшения управления каждому кумпанству было велено иметь двух начальников.
Деятельность Петра I вызвала недовольство жителей Воронежа. Поэтому епископ Воронежский Митрофан старался примирить людей с происходящим. Оказывал он поддержку и Петру I, в том числе и финансовую. На постройку кораблей епископ пожертвовал в Воронежское адмиралтейство 3 000 рублей, за что был пожалован царской грамотой.
31 октября 1698 года Петр I снова приехал в Воронеж. 19 ноября 1698 года на воронежской верфи под его руководством начал строиться 58-пушечный корабль, киль которого имел особую форму. Чертежи этого судна царь сделал сам. Корабль получил имя «Гото Предестинация» («Божье Предвидение»). Через несколько недель, в середине декабря, монарх покинул Воронеж, а строительством «Гото Предестинация» по его распоряжению занялся корабельный мастер Федосий Скляев. 27 апреля 1700 года в присутствии царевича Алексея Петровича (сына Петра I), царевны Натальи Алексеевны (сестры Петра I), иностранных послов и других почетных гостей был спущен на воду 58-пушечный корабль «Гото Предестинация», который был построен по чертежам царя. Посол Дании Поль Гейнс отзывается о корабле «Божьем Предвидении» как о шедевре. К. де Бруин также сообщает о красоте этого судна, отмечая, что каюта капитана была обита ореховым деревом.
По сведениям Корнелия де Бруина, в начале XVIII века Воронежский флот насчитывал более 68 кораблей, 21 галер и около 200 бригантин.
В 1700 году в Воронеже были установлены большие железные часы с пятью боевыми колоколами. Это были одни из первых общественных часов в России. В то время их появление в городе означало повышение его статуса. В октябре 1700 года для работы часовщиком из Москвы в Воронеж прибыл дьякон Иван Яковлев, которому в месяц платили 1 рубль. После Яковлева часами заведовал Микула Митрохин.
В 1700 году адмиралтейцем[1] Петр I назначил Апраксина, а Протасьева А.П.[2] смещает с этой должности за казнокрадство. В этом же году Воронеж перестал подчиняться воеводе Белгородского полка и стал управляться начальником Адмиралтейского приказа.
[1] Адмиралтеец – руководитель верфи
[2] Александр Петрович Протасьев (1655—1699) — стряпчий при дворе Алексея Михайловича, воевода Мангазеи, думный дворянин, окольничий, начальник Владимирского судного приказа, участник «Кожуховского похода», адмиралтеец Воронежской верфи. После отстранения от должности вернувшись в Москву в конце 1699 года — «не снеся позора», «с печали и с стыда» скончался
В 1702 году из Воронежа к устью реки Воронеж ушли 15 боевых кораблей, из них только три – «Разжённое железо», «Святая Наталья» и «Святой Георгий» – были полностью укомплектованы офицерами и матросами. 2 мая 1702 года Апраксин в своём письме в Москву писал, что офицеры на воронежской верфи очень нужны. В 1703 году в Воронеже открывается первая городская школа для подготовки младших офицеров. В 1714 году появилось первое городское учебное заведение для детей от 10 до 15 лет.
В 1772 году, по инициативе правительства, в Воронеже образовалось первое в России «акционерное торговое общество для мореходства», с высочайше утверждённым уставом и с правом заказывать мореходные суда в военных адмиралтействах.
Военная верфь в Воронеже существовала недолго; вследствие постепенного обмеления рек она сперва была перенесена в Тавров, а затем южнее, на устье, и, наконец, совершенно упразднена.
23 ноября 1703 года умер святитель Митрофан. После заупокойного богослужения Петр I сказал всем присутствующим:
«Стыдно нам будет, если мы не засвидетельствуем нашей благодарности благодетельному сему пастырю отданием ему последней почести. Итак, вынесем его тело сами.»
Барон Гизен в своих записях о Воронеже 1709 года сообщает, что на берегу реки находилась немецкая слобода. В пригородах жили русские, англичане, итальянцы, немцы и голландцы. В Воронеже были царский двор, дом князя Меньшикова и дом адмирала, графа Апраксина.